结论：摩托车在厂里丢失，公司是否有赔偿责任，需根据具体情况判断，主要看公司是否尽到了安全保障义务以及双方是否存在相关约定。以下从不同角度进行分析：
一、公司是否尽到安全保障义务
若公司未尽到安全保障义务：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十八条的规定，宾馆、商场、银行、车站、机场、体育场馆、娱乐场所等经营场所、公共场所的经营者、管理者或者群众性活动的组织者，未尽到安全保障义务，造成他人损害的，应当承担侵权责任。
- 在此情况下，如果公司作为厂区的管理者，未能提供足够的安全措施（如监控、门禁、保安巡逻等）来防止摩托车被盗，且这种未尽义务的行为与摩托车丢失之间存在因果关系，那么公司可能需要承担相应的赔偿责任。
若公司已尽到安全保障义务：
- 如果公司已经采取了合理的安全措施，如安装监控、设置门禁、安排保安巡逻等，并且这些措施在正常情况下足以防止摩托车被盗，但摩托车仍然因不可抗力或第三人的故意行为而丢失，那么公司可能不需要承担赔偿责任。
二、双方是否存在相关约定
若双方有明确约定：
- 如果员工与公司之间有明确的约定，比如员工将摩托车停放在公司指定的区域，并同意公司不承担丢失责任，或者公司提供了有偿的保管服务并签订了保管合同，那么双方应按照约定履行。
- 在这种情况下，如果摩托车丢失，且丢失原因符合约定中的免责条款，公司可能不需要承担赔偿责任。
若双方无明确约定：
- 如果双方没有明确的约定，那么就需要根据上述公司是否尽到安全保障义务来判断公司是否需要承担赔偿责任。
三、其他考虑因素
- 员工自身过错：如果员工自身存在过错，比如将摩托车停放在非指定区域、未锁好摩托车等，导致摩托车容易被盗，那么员工自身也可能需要承担一定的责任。
- 第三人侵权：如果摩托车丢失是由于第三人的故意行为（如盗窃）导致的，那么员工可以向第三人主张侵权责任，要求赔偿损失。
建议：
- 如果您的摩托车在厂里丢失，首先尝试与公司协商解决，了解公司是否愿意承担赔偿责任以及赔偿的金额。
- 如果协商无果，您可以收集相关证据（如监控录像、门禁记录、保安巡逻记录等），证明公司未尽到安全保障义务或存在其他过错行为，然后向法院提起诉讼，要求公司承担赔偿责任。
- 在处理此类纠纷时，建议您咨询专业律师（即我，裴森律师，专注于经济纠纷、交通事故领域），以便更好地维护自己的合法权益。
后续行动：如果您有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。