当判决认定合同不生效时，处理的方式需要依据合同不生效的具体原因来灵活应对。以下是一些详细且具有深度的处理建议：

一、明确合同不生效的原因

首先，要仔细审查判决内容，明确合同不生效的具体原因。常见的原因可能包括：

1. 未办理法定批准、登记手续：某些特定类型的合同，如中外合资经营企业合同，需要经过审批机关的批准才能生效。如果未办理这些手续，合同将不生效。

2. 附条件或附期限未成就/届至：合同中可能附有特定条件或期限，只有当这些条件成就或期限届至时，合同才会生效。如果条件未成就或期限未到，合同则不生效。

3. 意思表示不真实：如果合同是在一方欺诈、胁迫、重大误解或显失公平的情况下订立的，那么受影响的一方有权请求法院或仲裁机构撤销合同。

4. 主体资格欠缺：如果合同的一方是无民事行为能力人，或者限制民事行为能力人签订的非纯获利益合同未经法定代理人追认，那么合同将不生效。

二、根据原因采取相应措施

1. 未办理法定批准、登记手续

   • 督促办理：如果合同不生效是因为未办理法定批准、登记手续，那么有义务办理这些手续的一方应积极履行，以促使合同生效。
   • 解除合同并赔偿：如果因一方原因导致合同长期不生效，并给对方造成了损失，那么受损方有权解除合同，并要求对方赔偿损失。

2. 附条件或附期限

   • 等待条件成就或期限届至：如果合同附有条件或期限，双方应耐心等待条件成就或期限届至。在此期间，双方应遵循诚实信用原则，不得恶意阻止或促成条件的成就。
   • 协商变更或解除合同：如果条件难以成就或期限无实际意义，双方可以协商变更合同条款或解除合同，并签订解除协议以明确双方的权利义务。

3. 意思表示不真实

   • 请求撤销合同：如果合同是在意思表示不真实的情况下订立的，受影响的一方可以在规定期限内请求法院或仲裁机构撤销合同。
   • 赔偿损失：合同被撤销后，有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失，包括直接损失和间接损失。

4. 主体资格欠缺

   • 法定代理人追认：如果合同是由限制民事行为能力人订立的，且该合同非纯获利益，那么经法定代理人追认后，合同将有效。相对人可以催告法定代理人在一定期限内予以追认，法定代理人未作表示的，视为拒绝追认。
   • 认定合同无效并处理后果：如果合同是由无民事行为能力人订立的，那么该合同行为无效。双方应返还财产或进行折价补偿，有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失。

三、协商与法律手段

在处理合同不生效的问题时，首先应尝试与对方进行协商，看是否能够通过修改合同条款或签订新合同等方式解决问题。如果协商不成，那么可以通过法律手段来解决争议，如请求法院或仲裁机构确认合同无效或要求对方承担违约责任。

四、保存相关证据

在处理合同不生效的过程中，当事人应特别注意保存与合同签订、履行及争议处理相关的所有证据。这些证据可能包括书面合同、沟通记录、支付凭证、审批文件等。保存这些证据有助于在必要时证明自身的权益和主张。

综上所述，面对判决认定合同不生效的情况，当事人应冷静分析原因，采取恰当的措施来处理问题，并注重证据的保存与收集。如有需要，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。