侵犯公司商业秘密罪主要由公安机关的经济犯罪侦查部门负责侦查，人民检察院负责审查起诉，人民法院负责审判。以下是详细分析：
一、公安机关的管辖职责
立案侦查：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，刑事案件的侦查主要由公安机关进行。侵犯商业秘密罪作为刑事案件，通常由犯罪地的公安机关管辖，这包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。若案件涉及多个地点，最初受理的公安机关可依法管辖，必要时也可由主要犯罪地公安机关管辖。
- 公安机关在立案后，会展开一系列侦查活动，如收集证据、询问相关人员、查封扣押涉案物品等，以查明案件事实。
跨区域协作：
- 若案件涉及不同地区的侵权行为，公安机关之间会加强协作配合，共同打击犯罪活动，确保案件得到妥善处理。
二、人民检察院的监督与公诉职责
法律监督：
- 人民检察院对公安机关的侦查活动进行监督，确保侦查行为合法合规。若发现违法行为，如刑讯逼供、非法搜查等，检察机关有权提出纠正意见，保障犯罪嫌疑人的合法权益。
提起公诉：
- 经审查认为犯罪事实清楚、证据确实充分的，人民检察院将向人民法院提起公诉，追究侵权人的刑事责任。在提起公诉前，检察院会对案件材料进行全面审查，包括证据的合法性、真实性和关联性，以及犯罪事实的清晰度等。
三、人民法院的审判职责
- 人民法院负责审理人民检察院提起的侵犯商业秘密罪案件。收到公诉后，法院会组成合议庭开庭审理，组织控辩双方举证、质证和辩论，听取被告人陈述，全面审查案件事实和证据。
- 根据查明的事实和法律规定，法院会判决被告人是否构成犯罪、构成何种犯罪及应判处的刑罚。若构成侵犯商业秘密罪，且给权利人造成重大损失的，被告人可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑罚；若造成特别严重后果的，则可能面临三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金的刑罚。
四、实例说明
- 假设A公司发现B公司通过不正当手段获取了其商业秘密，并用于生产经营活动，给A公司造成了重大损失。A公司可以向当地公安机关报案，公安机关立案侦查后，通过调查走访、收集电子数据等方式查明了B公司的侵权行为。随后，案件移送人民检察院审查起诉。检察院经审查认为证据确凿，依法向法院提起公诉。最终，法院经过庭审调查和辩论，判决B公司构成侵犯商业秘密罪，并判处相应的罚金和有期徒刑。
总结与建议：
侵犯公司商业秘密罪是一个涉及多个法律部门和程序的复杂案件类型。从公安机关的侦查到人民检察院的审查起诉，再到人民法院的审判，每个环节都至关重要。作为权利人，一旦发现商业秘密被侵犯，应尽快向公安机关报案，并积极配合调查工作。同时，也可以咨询我，获取更具体的法律建议和支持，以便在遭遇侵权时能够及时有效地维护自己的合法权益。