当您在起诉期间发现公司已经注销，这确实是一个复杂的情况，但您仍然可以采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是根据相关法律法规和具体案情，为您提供的详细分析和建议：
一、判断公司注销是否依法清算
首先，您需要了解公司注销时是否依法进行了清算。这是决定后续处理方式的关键因素。
若公司未经依法清算即注销：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条，以及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》的相关规定，企业法人未依法清算即被注销的，您可以以其股东、发起人或者出资人为当事人提起诉讼。这些主体可能要对公司债务承担清偿责任。
- 您需要收集证据证明公司未经清算即注销，以及股东、发起人或出资人的过错行为，如恶意处置财产或提交虚假清算报告骗取注销登记等。
若公司依法进行了清算并注销：
- 您需要查看清算报告，了解债权债务是否已合理清理和处置。
- 如果清算报告存在问题，如遗漏债务或清算过程存在故意或重大过失，您可以采取相应法律措施，如起诉清算组成员要求其承担赔偿责任。
二、采取具体应对措施
收集证据：
- 尽快收集并保存与公司注销相关的所有证据，包括公司注销公告、清算报告、与公司的交易记录等。
向法院报告：
- 及时向法院报告被告公司注销情况，申请法院采取相应措施，如追加被告、中止诉讼等。
追加被告：
- 若公司未经依法清算即注销，您可申请追加股东、董事等相关责任人为被告，要求其承担连带清偿责任。
申请强制执行：
- 如果公司注销后有剩余财产可供执行，或者相关责任人有可供执行的财产，您可以申请强制执行以弥补损失。
三、考虑其他解决途径
协商调解：
- 除了诉讼途径外，您还可以尝试与公司或其相关人员进行协商、调解等方式，争取达成和解协议，以解决债务纠纷。
申请追加被执行人：
- 在执行过程中，如果发现被执行人公司已经注销，但存在可供执行的财产或相关责任人，您可以依据相关法律规定申请追加公司的股东、出资人等为被执行人。
四、了解后续可能涉及的法律责任
行政责任：
- 对于未经依法清算即办理注销登记的公司及其相关人员，市场监督管理部门可能会根据相关法律法规对其进行行政处罚。
刑事责任：
- 如果公司的注销行为涉及到欺诈、伪造文件等违法犯罪行为，相关人员可能会被追究刑事责任。
五、寻求专业帮助
由于处理此类情况涉及复杂的法律程序和专业知识，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。
总之，当您在起诉期间发现公司已经注销时，不要慌张。通过收集证据、向法院报告、追加被告、申请强制执行等措施，您仍然可以维护自己的合法权益。同时，了解后续可能涉及的法律责任和寻求专业帮助也是非常重要的。