预付款回扣的时候不应扣除安全文明施工费。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、预付款与安全文明施工费的性质与用途
预付款：预付款是在合同签订后，业主根据合同约定或双方协商，提前支付给承包商的一部分工程款项。其目的是为了帮助承包人解决前期资金周转问题，确保交易能够正常进行。预付款属于主合同给付的一部分，性质上属于清偿行为，但其支付并不构成合同的履行，而是资助对方履行合同义务的方式。
安全文明施工费：这是依据国家现行的建筑施工安全、施工现场环境与卫生标准和有关规定而设立的专项费用。它用于购置和更新施工防护用具及设施，改善安全生产条件和作业环境，以保障施工工地的安全和环境文明。此费用具有专款专用的特点，不属于预付款的范畴。
二、预付款与安全文明施工费的关系
支付目的不同：预付款主要解决承包人的前期资金问题，而安全文明施工费则专门用于保障施工安全和环境文明。两者在支付目的上存在明显差异，因此不应将安全文明施工费从预付款中扣除。
支付时间与方式：预付款通常在合同签订后的初期支付，而安全文明施工费可能根据工程进度或合同约定的其他方式进行支付。这种支付时间与方式的不同也进一步证明了两者之间的独立性。
法律与合同规定：根据相关法规和计价规范，安全文明施工费属于不可竞争费用，应专款专用。同时，如果发承包双方在合同中明确约定了预付款中安全文明施工费的处理方式，应优先按照合同约定执行，但不得违反法律法规的强制性规定。在大多数情况下，合同中并不会约定从预付款中扣除安全文明施工费，因为这不符合两者的性质和用途。
三、法律依据与实践操作
法律依据：《建设工程工程量清单计价规范》等规范性文件明确指出，安全文明施工费应专款专用，发包人应在工程预付款中按一定比例提前支付（这里的“按一定比例提前支付”指的是在后续工程进度款中逐步考虑安全文明施工费的支付，而非在预付款中直接扣除）。《建设工程价款结算暂行办法》也规定了预付款的拨付比例和抵扣方式，但并未提及预付款中可以扣除安全文明施工费的情况。
实践操作：在实际操作中，预付款主要是为了解决承包人的前期资金问题，确保工程能够顺利开工。而安全文明施工费则是在工程进行过程中，根据实际需要逐步支付。因此，将安全文明施工费从预付款中扣除是不合理的，也不符合实际操作习惯。
四、可能产生的法律后果
如果发包人试图在预付款中扣除安全文明施工费，可能会面临以下法律后果：
违反合同约定：如果合同中明确约定了预付款的支付方式和金额，且未提及扣除安全文明施工费的情况，那么发包人的行为将构成违约。承包人有权要求发包人按照合同约定支付预付款，并可能要求发包人承担违约责任。
违反法律法规：如果发包人的行为违反了相关法律法规的强制性规定（如《建设工程工程量清单计价规范》等），那么发包人可能会面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
总结与建议：
预付款与安全文明施工费在性质、用途和支付方式上存在明显区别。预付款主要是为了解决承包人的前期资金问题，而安全文明施工费则是为了保障施工安全和环境文明而设立的专项费用。因此，在预付款中不应扣除安全文明施工费。如果发包人试图这样做，可能会面临违约和违反法律法规的法律后果。建议发承包双方在签订合同时明确约定预付款和安全文明施工费的支付方式和金额，以避免后续纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。