关于单位被罚款但扣员工工资是否合法的问题，这确实是一个涉及劳动法权益的重要议题。以下是对此问题的详细解答：
一、核心结论
单位因自身原因被罚款，而直接将罚款转嫁到员工工资上，这一行为在大多数情况下是不合法的。罚款作为行政处罚的一种，其执行主体应为特定的行政机关，而非用人单位。用人单位若因自身违规被罚款，应自行承担，而不应通过扣减员工工资来转嫁损失。
二、合法与不合法的具体分析
合法情况（但需严格条件）：
- 规章制度明确且合理：若用人单位有明确合法的规章制度，且该制度已经过民主程序制定、内容合法、已向员工公示或告知，其中规定了因员工特定行为（如严重违反工作纪律、给单位造成重大损失等）导致单位被罚款时，员工需承担一定比例的经济责任。但即便如此，罚款金额也必须合理，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 员工直接过错导致损失：若员工因个人直接过错（如故意或重大过失）导致单位被罚款，且该损失与员工行为有直接因果关系，单位在遵循上述扣除限额和最低工资标准的前提下，可能从员工工资中扣除相应损失。但这种情况较为特殊，且需严格证明员工过错与罚款之间的直接联系。
不合法情况：
- 无规章制度或规章制度不合法：若单位没有合法有效的规章制度作为依据，或规章制度本身违法（如违反法律法规、显失公平等），则随意对员工进行罚款扣工资是违法的。
- 罚款理由不充分、不合理：即使单位有规章制度，但罚款理由不充分、不合理（如因轻微过失或无关行为而进行罚款），这种罚款扣工资行为也可能被认定为不合法。
- 恶意克扣工资：单位不得以任何无理由或恶意的方式克扣员工工资，包括将单位自身被罚款的责任转嫁到员工身上。
三、员工权益保护建议
面对单位不合法罚款扣工资的行为，员工可采取以下措施维护自身权益：
- 与公司协商解决：首先尝试与公司沟通，要求解释罚款扣工资的理由和依据，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。投诉时，应提供相关证据（如工资条、罚款通知、规章制度等）以支持自己的主张。
- 申请劳动仲裁：在必要时，可向当地劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。仲裁过程中，员工应充分举证，证明单位罚款扣工资的行为违法。
四、总结与提醒
单位被罚款而扣员工工资的行为，在大多数情况下是不合法的。员工应了解自己的权益，学会在遭遇不合法扣款时采取适当的措施来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应依法管理员工，通过合法合理的规章制度来规范员工行为，避免采取违法或不当的经济措施。