在二级轻伤案件中，存在以下几种情况时，检察机关可能会作出存疑不起诉的决定：
证据不足，无法形成完整证据链：
- 在刑事诉讼中，证据是认定犯罪事实的基础。对于二级轻伤案件，如果检察机关认为现有证据不足以证明犯罪嫌疑人的行为与受害人的伤情之间存在直接的因果关系，或者无法排除其他合理怀疑，如受害人可能因其他原因导致伤情，那么检察机关可能会以证据不足为由，作出存疑不起诉的决定。
- 举例：假设在一个打架斗殴案件中，受害人声称被犯罪嫌疑人打伤，但现场监控录像模糊，无法清晰显示犯罪嫌疑人的具体行为，且没有其他目击证人能够证实犯罪嫌疑人的行为与受害人的伤情之间的直接联系。在这种情况下，检察机关可能会认为证据不足，从而作出存疑不起诉的决定。
犯罪事实不清，存在合理怀疑：
- 如果案件中的犯罪事实存在模糊之处，或者存在多种可能的解释，且这些解释都具有一定的合理性，那么检察机关可能会认为犯罪事实不清，无法确定犯罪嫌疑人的具体行为是否构成犯罪，从而作出存疑不起诉的决定。
- 举例：在一个涉及二级轻伤的案件中，犯罪嫌疑人声称自己是在自卫过程中不小心导致受害人受伤，而受害人则坚称是犯罪嫌疑人故意攻击。如果现场没有明确的证据能够证明哪一方的说法更可信，且双方的说法都存在一定的合理性，那么检察机关可能会认为犯罪事实不清，从而作出存疑不起诉的决定。
程序违法，影响案件公正性：
- 如果在案件侦查、审查起诉过程中存在程序违法的情况，如非法取证、超期羁押等，且这些违法行为可能影响到案件的公正性，那么检察机关可能会以程序违法为由，作出存疑不起诉的决定。虽然这种情况并不直接针对案件的实体事实，但程序违法可能损害犯罪嫌疑人的合法权益，影响案件的公正处理。
- 举例：假设在一个二级轻伤案件中，侦查机关在取证过程中存在刑讯逼供的行为，导致犯罪嫌疑人作出了虚假的供述。如果这一违法行为被检察机关发现，且认为可能影响到案件的公正性，那么检察机关可能会以程序违法为由，作出存疑不起诉的决定。
针对以上情况，我给出以下法律建议：
- 对于犯罪嫌疑人而言，如果认为自己可能面临存疑不起诉的情况，应积极配合检察机关的调查工作，提供有利于自己的证据和线索，以证明自己的清白或减轻自己的责任。
- 对于受害人而言，如果认为检察机关作出的存疑不起诉决定有误，可以依法向检察机关提出申诉或向人民法院提起自诉，以维护自己的合法权益。
在处理二级轻伤案件时，检察机关会严格遵循法律程序和证据规则，确保案件的公正处理。如果您或您身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。