结论：公司的应付账款过了诉讼时效，从法律层面而言，并不直接等同于可以进行核销，是否核销需结合公司内部财务管理制度、税务规定以及实际债权情况等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、诉讼时效的法律意义
诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在应付账款的语境下，若债权人未在诉讼时效期间内主张权利，债务人（即公司）可以提出诉讼时效抗辩，从而免除支付义务。但这并不意味着该笔应付账款在法律上“消失”或“无效”，只是债务人获得了法律上的抗辩权。
二、公司内部财务管理与核销
公司财务管理制度：公司是否核销过了诉讼时效的应付账款，首先需遵循其内部的财务管理制度。不同公司对于应付账款的核销有不同的规定和流程，可能涉及财务审批、内部审计等多个环节。
税务规定：核销应付账款还可能涉及税务问题。根据税法规定，企业核销坏账等损失需符合一定条件，并可能需要向税务机关申报备案。因此，在核销前，公司需仔细评估税务影响，确保合规操作。
三、实际债权情况与核销决策
债权是否真实存在：即使应付账款过了诉讼时效，公司仍需确认该债权是否真实存在。若债权本身存在争议或虚假，核销可能引发法律风险。
债权人态度：公司还需考虑债权人的态度。若债权人明确表示放弃债权或同意核销，公司核销的风险将大大降低。但若债权人未明确表态或仍保留追索权，公司需谨慎处理。
潜在法律风险：核销过了诉讼时效的应付账款，并不意味着公司完全摆脱了法律风险。若债权人后续发现新证据或采取其他法律手段，公司仍可能面临支付义务或法律纠纷。
四、建议与操作
全面评估：公司在决定是否核销过了诉讼时效的应付账款前，应进行全面评估，包括债权真实性、债权人态度、税务影响以及潜在法律风险等方面。
合规操作：若决定核销，公司应确保操作合规，遵循内部财务管理制度和税务规定，避免引发不必要的法律风险。
咨询专业意见：鉴于核销应付账款涉及复杂的法律和财务问题，公司可咨询专业律师和会计师的意见，以确保决策的科学性和合规性。
总结：公司的应付账款过了诉讼时效并不直接等同于可以进行核销。是否核销需结合公司内部财务管理制度、税务规定以及实际债权情况等多方面因素综合判断。在决策过程中，公司应全面评估风险，确保合规操作，并可咨询专业律师和会计师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。