结论：关于您提出的“公司入股三年后才能退股，后变更了法人，我们不知道，退股能否全部拿回本金”的问题，这并非一个简单的是非问题，而是需要结合具体情况来分析。以下是我从不同角度为您进行的详细分析：

一、入股协议与退股条款

1. 入股协议内容：首先，我们需要查看您入股时签订的协议中关于退股的具体条款。如果协议中明确规定了“三年后才能退股，且退股时能全部拿回本金”，那么在没有其他特殊情况的前提下，您应当有权按照协议约定退股并拿回本金。

2. 退股条款的变更：然而，如果入股协议在您不知情的情况下被变更，特别是关于退股的条款，这可能会影响到您的权益。但关键在于，这种变更是否得到了您的同意或认可，以及是否符合相关法律法规的规定。如果变更未经您同意，且违反了法律法规或入股协议的初衷，那么这种变更可能是无效的。

二、法人变更的影响

1. 法人变更的性质：法人变更，即公司法定代表人的变更，通常不会直接影响股东的权益，包括退股的权利。股东的权利和义务主要由公司章程和入股协议规定，与法定代表人的变更无直接关联。

2. 法人变更后的责任：如果法人变更过程中存在违法行为或损害股东利益的行为，如隐瞒重要信息、欺诈等，那么相关责任人可能需要承担法律责任。但这并不直接影响您退股并拿回本金的问题，除非这些行为导致了公司财务状况的恶化或入股协议的无效。

三、实际操作中的考虑因素

1. 公司财务状况：即使入股协议和退股条款都对您有利，但如果公司财务状况不佳，无法支付退股本金，那么您也可能面临无法全部拿回本金的风险。因此，在决定退股前，建议您先了解公司的财务状况。

2. 协商与诉讼：如果与公司就退股问题产生争议，您可以先尝试与公司协商解决。如果协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁。

四、法律建议

1. 审查入股协议：建议您仔细审查入股协议，特别是关于退股的条款，确保自己的权益得到保障。

2. 了解公司财务状况：在决定退股前，了解公司的财务状况和经营状况，以便做出更明智的决策。

3. 寻求法律帮助：如果您对退股问题存在疑虑或争议，建议您及时咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和帮助。

总结与进一步思考：退股能否全部拿回本金并非一个简单的问题，而是需要结合入股协议、公司财务状况、法人变更情况以及相关法律法规来综合判断。因此，我建议您在决定退股前，先仔细审查入股协议，了解公司的财务状况，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。