使用无道路运输证的车辆三次，将面临交通运输主管部门的行政处罚，具体处罚措施需根据违法情节的严重程度综合判定，但通常包括罚款、责令改正，情节严重的可能面临更严厉的处罚。以下是详细分析：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   对于“三次违法”的情形，处罚会结合违法次数、持续时间、是否造成危害后果等因素综合判定，体现“过罚相当”原则。

2. 具体处罚情形

   • 首次违法与多次违法的区别：
     若三次违法均未造成严重后果（如未发生交通事故、未逃避监管等），通常以罚款为主，但罚款幅度可能因次数增加而提高。例如，首次违法可能处较低额度罚款，第三次违法可能接近法定上限。
     
   • 情节严重的认定：
     若三次违法中存在伪造证件、暴力抗法、造成重大事故等情形，可能被认定为“情节严重”，除罚款外，还可能面临暂扣车辆、吊销经营许可（如有）、责令停业整顿等处罚。
     
   • 累计处罚的适用：
     部分地区可能对多次违法实施“累计加罚”，即每次违法单独处罚后，若未改正，后续违法可能按更高标准处罚。例如，第三次违法罚款可能是第一次的2-3倍。

3. 执法实践中的考量因素

   • 违法行为的连续性：若三次违法是短期内连续实施，可能被认定为“情节恶劣”，处罚更重；若间隔较长且无其他违法情节，可能从轻处罚。
     
   • 主观过错程度：故意违法（如明知无证仍运营）与过失违法（如未及时办理证件更新）的处罚力度不同，前者通常更重。
     
   • 配合调查情况：主动配合执法、及时改正的，可能依法从轻或减轻处罚；拒不配合、隐瞒事实的，可能从重处罚。

4. 建议与风险提示

   • 立即停止违法运营：继续使用无证车辆可能面临更高罚款甚至刑事责任。
     
   • 补办证件或调整运营方式：若需从事道路运输，应依法申请《道路运输证》；若无需运营，应及时处理车辆，避免被认定为“持续违法”。
     
   • 咨询专业律师：若对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护合法权益。

如有进一步疑问或需要具体案件分析，可直接向我咨询。