结论：三方协议上所盖的章与营业执照上的公司名称不一致，这种情况是有可能被发现的，且可能带来一系列法律风险和后果。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同效力与主体认定：

   • 法律原则：根据合同法的相关规定，合同应当明确双方当事人的真实身份和意思表示。如果三方协议上所盖的章与营业执照上的公司名称不一致，这可能导致合同主体认定上的混淆或争议。
   • 风险点：在合同履行过程中，如果发生纠纷，对方可能会主张合同主体与盖章主体不一致，从而质疑合同的效力或要求确认合同无效。这将对您的权益造成不利影响。

2. 法律责任与后果：

   • 盖章方责任：如果盖章方并非营业执照上的公司，那么盖章方可能因未经授权或超越权限而承担法律责任。这包括但不限于赔偿损失、承担违约责任等。
   • 营业执照公司责任：如果营业执照上的公司并未参与协议签订，但因盖章行为被牵连进纠纷，该公司也可能需要承担一定的法律责任，尤其是如果盖章行为被认定为表见代理或构成其他法律关系时。

3. 实际操作与风险防范：

   • 核实身份：在签订三方协议前，务必核实各方当事人的真实身份和授权情况。确保盖章方有权代表营业执照上的公司签订协议，或者明确协议中的权利义务关系与盖章方直接相关。
   • 明确条款：在协议中明确约定各方的权利义务、违约责任等条款，以减少因主体认定不清而产生的纠纷。
   • 法律审查：在签订协议前，建议进行法律审查，确保协议内容合法合规，避免潜在的法律风险。

4. 被发现的可能性与后果：

   • 被发现途径：在合同履行过程中，如果发生纠纷或需要执行合同，对方或第三方机构（如法院、仲裁机构等）可能会对合同主体进行核实。此时，如果发现盖章方与营业执照上的公司名称不一致，就可能引发一系列问题。
   • 后果严重性：一旦被发现，不仅可能导致合同无效或被撤销，还可能引发法律纠纷和赔偿责任。此外，还可能对您的商业信誉和合作关系造成负面影响。

建议：为了避免潜在的法律风险和后果，建议您在签订三方协议前务必核实各方当事人的真实身份和授权情况，确保盖章方与营业执照上的公司名称一致或明确协议中的权利义务关系。如果确实存在盖章方与营业执照公司不一致的情况，建议在协议中明确说明并取得相关方的书面确认或授权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。