两家单位标书内容部分相同不一定会被废标，是否废标取决于具体情况。以下从不同角度为你详细分析：
一、废标的一般情形
在招投标活动中，废标通常指的是招标项目因某些法定或约定原因而无效，需要重新进行招标。根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，废标的情形主要包括：
符合专业条件的供应商或者对招标文件作实质响应的供应商不足三家的：这意味着如果参与投标的单位数量不足，或者虽然数量足够但符合要求的不足三家，招标项目可能会被废标。但这一情形与两家单位标书内容部分相同无直接关联。
出现影响采购公正的违法、违规行为的：如果招投标过程中存在违法、违规行为，如串通投标、弄虚作假等，且这些行为影响了采购的公正性，那么招标项目可能会被废标。若两家单位标书内容部分相同是由于串通投标或抄袭等违法、违规行为导致的，那么很可能会被废标。
投标人的报价均超过了采购预算，采购人不能支付的：如果所有投标人的报价都超过了采购人的预算，且采购人无法支付，那么招标项目也可能会被废标。这一情形同样与两家单位标书内容部分相同无直接联系。
因重大变故，采购任务取消的：如果由于某些重大变故，如政策调整、项目取消等，导致采购任务无法继续进行，那么招标项目也会被废标。这与两家单位标书内容部分相同也无关。
二、标书内容部分相同的特殊情况
除了上述一般情形外，还需要考虑标书内容部分相同的特殊情况：
巧合性相同：如果两家单位的标书内容部分相同是由于巧合，如使用了相同的模板、引用了相同的公开资料等，且没有证据表明存在串通投标或抄袭等违法、违规行为，那么这种情况通常不会被废标。但招标人或评标委员会可能会要求这两家单位进行澄清或说明，以确认是否存在违法、违规行为。
非实质性内容相同：如果两家单位标书内容部分相同的是非实质性内容，如格式、排版、部分通用条款等，而实质性内容（如技术方案、报价等）存在差异，那么这种情况通常也不会被废标。因为招投标活动更关注的是投标人的实质性响应和综合能力。
三、法律建议
避免标书内容雷同：为了降低被废标的风险，投标人在编制标书时应尽量避免与其他投标人的标书内容雷同。可以通过加强原创性、突出自身优势等方式来提升标书的独特性和竞争力。
遵守招投标法律法规：投标人应严格遵守招投标法律法规和相关规定，不得进行串通投标、弄虚作假等违法、违规行为。否则，一旦被发现，不仅会被废标，还可能面临法律责任。
及时澄清和说明：如果招标人或评标委员会对两家单位标书内容部分相同提出质疑或要求澄清、说明，投标人应及时响应并提供相关证据和说明材料，以证明自身不存在违法、违规行为。
如果你在招投标活动中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。