核心结论：合同到期不续签的经济补偿金计算，通常不扣除请假工资，具体计算方式需根据实际情况确定。以下分情况详细说明：

1. 经济补偿金的计算基数
   根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准计算。这里的“月工资”是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，且是应得工资（即税前工资），包含基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入，但不包括非经常性收入（如一次性奖金、年终奖需按实际发放月份分摊计算）。
   若劳动者在计算周期内有请假（如病假、事假），导致某月工资低于正常水平，法律明确规定：计算平均工资时，应按实际出勤天数折算该月工资，而非直接扣除该月工资。例如，劳动者某月因病假只出勤10天，工资为2000元（正常月工资为6000元），则该月工资应按6000元÷21.75天×10天≈2759元计算，而非直接使用2000元。

2. 请假工资是否影响经济补偿金

   • 合法请假：若劳动者因病假、事假等合法原因请假，且用人单位已按法律规定或合同约定支付了病假工资（如不低于当地最低工资标准的80%），则请假期间的工资仍需纳入平均工资计算，不会因请假而降低经济补偿金基数。
     
   • 旷工或未批准请假：若劳动者无故旷工或未经批准擅自离岗，用人单位可能按规章制度扣发工资。此时，被扣发的工资部分是否纳入平均工资计算，需结合具体情况判断：
     
     • 若扣发符合法律规定（如旷工一天扣三天工资，但每月扣发后工资不得低于当地最低工资标准），则按实际发放工资计算；
       
     • 若扣发违法（如全额扣发当月工资），劳动者可主张按应得工资补足，并纳入平均工资计算。

3. 特殊情形：高收入劳动者
   若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。此时，请假工资同样不影响计算基数，仍以应得工资为准。

温馨提示：经济补偿金的计算涉及多个细节（如工资构成、请假类型、扣发合法性等），若用人单位存在少算、漏算或违法扣发工资的情况，劳动者可通过劳动仲裁维护权益。如有具体案例或疑问，欢迎直接向我咨询，我会结合您的实际情况详细解答。