在商品房认购协议中，若存在违法行为，违法所得的计算通常需结合具体违法情形及法律规定综合判定。以下是分情况说明的核心结论及展开分析：

1. 未取得预售许可销售商品房的违法所得计算
   根据《城市房地产管理法》第四十五条及《商品房销售管理办法》第二十二条，开发商未取得预售许可证即签订认购协议并收取款项的，违法所得通常为已收取的全部认购金、定金或购房款。

   • 法律依据：行政处罚中，违法所得一般指实施违法行为所获得的全部收入，扣除必要合理成本（如实际发生的税费、土地出让金等）。但司法实践中，若开发商未取得预售许可，其收取的款项往往被认定为“非法收入”，可能不予扣除成本。
     
   • 示例：开发商收取认购金100万元，未取得预售许可，违法所得即按100万元计算。

2. 虚构房源或隐瞒重要信息诱导认购的违法所得计算
   若开发商通过虚假宣传（如虚构规划、隐瞒抵押或查封状态）诱导购房者签订认购协议，违法所得可能包括因欺诈行为获得的全部利益，包括认购金、利息损失赔偿等。

   • 法律依据：根据《消费者权益保护法》第五十五条，经营者欺诈的，应按消费者要求增加赔偿其受到的损失（增加赔偿金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用的三倍）。此时违法所得可能涵盖实际收取款项及惩罚性赔偿部分。
     
   • 示例：开发商虚构房源收取认购金50万元，购房者主张退一赔三，违法所得可能按50万元（本金）+150万元（赔偿）=200万元计算（具体以法院裁判为准）。

3. 一房多卖或重复认购的违法所得计算
   若开发商将同一房屋多次出售或认购，违法所得为通过重复交易获得的全部收入，需扣除已退还款项（如有）。

   • 法律依据：根据《刑法》第二百二十四条合同诈骗罪，若以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中骗取财物，违法所得为实际骗取的金额。行政处罚中，违法所得通常按实际收取款项计算。
     
   • 示例：开发商将同一房屋分别与两名购房者签订认购协议，收取款项共计200万元，后仅退还50万元，违法所得按150万元计算。

4. 其他违法情形（如超标收费、强制搭售）的违法所得计算

   • 超标收费：若认购协议中约定超出备案价格的费用（如“团购费”“服务费”），违法所得为超出部分。
     
   • 强制搭售：若要求购房者必须购买车位、装修包等才签订认购协议，违法所得为搭售商品或服务的非法收入。
     
   • 示例：房屋备案价100万元，认购协议约定购房者需支付110万元（含10万元“服务费”），违法所得按10万元计算。

实务建议：

1. 违法所得的计算需结合具体违法行为、证据材料（如认购协议、收款凭证、宣传资料等）及司法裁判口径综合判定。
   
2. 若涉及行政处罚，市场监管部门或房管部门可能委托第三方机构审计违法所得；若涉及刑事犯罪，公安机关会通过查封、冻结、扣押等措施固定证据。
   
3. 购房者若遭遇违法行为，可要求开发商退还款项并赔偿损失，同时向当地房管部门举报或通过诉讼主张权利。

如有具体案件细节或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。