当出现立案追诉标准（二）与司法解释不一致的情况时，需根据法律适用规则和具体案件情况综合判断，通常以最新、效力层级更高的规范为准，但需结合具体条款和立法目的分析。以下从不同角度展开说明：

1. 效力层级与时间优先原则

• 效力层级：司法解释由最高人民法院、最高人民检察院联合发布，属于对法律的具体应用解释，效力层级较高；立案追诉标准（二）通常由最高人民检察院、公安部联合制定，属于部门规范性文件，效力层级低于司法解释。若两者冲突，一般以司法解释为准。
• 时间优先：若司法解释或立案追诉标准（二）有修订，新法优于旧法。例如，若司法解释后于立案追诉标准（二）发布，且对同一问题作出不同规定，应适用司法解释。

2. 具体条款的冲突处理

• 直接冲突：若两者对同一犯罪的立案标准（如数额、情节等）规定完全矛盾，需优先适用司法解释。例如，司法解释规定某罪立案数额为10万元，而立案追诉标准（二）规定为5万元，应以司法解释为准。
• 补充关系：若两者无直接冲突，而是对不同方面作出规定（如司法解释侧重定罪，立案追诉标准侧重量刑或程序），可并行适用。例如，司法解释规定犯罪构成要件，立案追诉标准规定数额下限，两者结合使用。

3. 立法目的与实质合理性

• 若司法解释与立案追诉标准（二）的冲突涉及立法目的或实质合理性，需结合具体案件分析。例如：
  • 司法解释更严格：若司法解释为适应社会变化提高了立案标准（如经济犯罪数额），而立案追诉标准未更新，应适用司法解释以体现从严打击的立法意图。
  • 立案追诉标准更具体：若立案追诉标准对某类犯罪的情节（如“多次实施”）作出细化规定，而司法解释未涉及，可参考立案追诉标准以增强操作性。

4. 实践中的操作建议

• 案件报批与沟通：若办案机关对适用标准存在争议，可层报共同上级机关（如省级检察院、公安厅）协调，或通过检法联席会议明确意见。
• 辩护与代理策略：若为辩护人或代理人，可主张适用对当事人更有利的标准（如司法解释降低立案门槛时，主张不构成犯罪；反之则主张构成犯罪）。

5. 典型案例参考

• 例如，在非法吸收公众存款罪中，司法解释可能规定“数额巨大”为100万元以上，而立案追诉标准（二）可能规定为50万元以上。若案件数额为80万元，根据司法解释不构成“数额巨大”，但根据立案追诉标准可能达到追诉条件。此时应优先适用司法解释，但需注意是否涉及其他情节（如人数、损失等）的综合判断。

总结：司法解释与立案追诉标准（二）的冲突需结合效力层级、时间顺序、立法目的及具体案件综合判断。若仍有疑问，可提供具体罪名或条款，我将进一步分析适用规则。