结论：纪委要求退违纪款时，是否应告知违法款，需根据具体情况判断，但通常应明确款项性质并说明理由。以下从不同角度详细分析：

一、从纪委调查与处理程序的角度

纪委在调查违纪行为时，会依据党纪党规以及相关法律法规进行。如果纪委已经查实了违纪行为，并且认定了违纪所得的款项，在要求退违纪款时，应当明确告知被调查人该款项属于违纪所得。这是因为纪委的处理程序要求公正、透明，被调查人有权知晓自己被要求退还款项的具体原因和依据。例如，若某党员干部利用职务之便，违规收受他人财物，纪委在调查清楚后，会告知其收受的财物属于违纪所得，需要退还。这样做既保障了被调查人的知情权，也有利于纪委处理程序的合法性和正当性。

二、从被调查人权利保障的角度

被调查人在面对纪委的要求时，享有合法的权利。被调查人有权了解纪委要求其退还款项的具体性质和理由。如果纪委不告知违法款（这里理解为违纪款中可能涉及违法的部分款项）的具体情况，被调查人可能无法准确理解自己的行为性质以及退还款项的必要性，从而可能对纪委的处理产生质疑，甚至引发不必要的纠纷。例如，被调查人可能认为自己收受的某些财物属于正常的人情往来，而非违纪所得，如果纪委不进行明确说明，被调查人可能不会配合退还款项。

三、从法律后果的角度

如果纪委在要求退违纪款时，未明确告知款项性质，可能会对后续的法律程序产生一定影响。一方面，被调查人可能因不了解情况而拒绝退还款项，导致纪委需要采取进一步的措施，如给予党纪处分等，这会增加处理成本和时间。另一方面，如果被调查人后续对纪委的处理提出申诉或复议，由于纪委未明确告知款项性质，可能会影响申诉或复议的结果。例如，在申诉或复议过程中，被调查人可能以纪委未履行告知义务为由，主张纪委的处理程序违法。

四、实际操作中的建议

1. 纪委应明确告知：纪委在要求退违纪款时，应当以书面或口头形式明确告知被调查人该款项属于违纪所得，并说明认定的依据和理由。这样既有利于被调查人理解自己的行为性质，也有利于纪委处理程序的顺利进行。
2. 被调查人应积极配合：被调查人在收到纪委的要求后，应当积极配合退还款项。如果对款项性质或退还要求有疑问，可以向纪委提出询问或申诉，以维护自己的合法权益。
3. 保留相关证据：无论是纪委还是被调查人，都应当保留与退违纪款相关的证据，如收据、转账记录等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。

总结：纪委要求退违纪款时，应明确告知款项性质并说明理由，这既是纪委处理程序的合法要求，也是保障被调查人权利的必要措施。如果您在面对此类情况时有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。