有限公司增资入股协议通常是与被投资公司签订，而非原股东。以下从不同角度为您详细分析：
法律关系角度
从法律关系的本质来看，增资入股是公司增加注册资本、引入新股东的行为，这直接涉及到公司资本结构的变更和股东权益的调整。因此，增资入股协议的主体应当是公司本身，因为公司是资本变更和股东权益调整的直接承受者。原股东虽然可能因增资而股权比例发生变化，但他们并不是增资行为的直接当事人，而是作为公司现有股东，其权益会受到公司增资行为的影响。
协议内容角度
增资入股协议通常包含公司增资的具体条款，如增资金额、增资方式、增资后股东的股权比例、公司的治理结构等。这些条款都是针对公司本身的，需要公司作为协议的一方来确认和承诺。如果与原股东签订增资入股协议，那么协议的内容将难以直接涉及公司资本结构的变更和股东权益的调整，因为原股东并不代表公司。
实际操作角度
在实际操作中，增资入股需要经过公司内部的决策程序，如董事会或股东会的决议，并需要修改公司章程等文件。这些程序都是针对公司本身的，需要公司作为主体来执行。如果与原股东签订增资入股协议，那么在实际操作中将会遇到诸多困难，如如何确保协议内容得到公司的认可和执行、如何修改公司章程等。
特殊情况说明
当然，也存在一些特殊情况，比如原股东与新投资者之间就增资事宜达成初步意向，并签订了意向性协议。但这种意向性协议并不等同于正式的增资入股协议，它只是双方就增资事宜进行初步沟通和协商的产物。在正式签订增资入股协议时，仍然需要公司作为协议的一方来参与。
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