供应商对合同补充协议不回复时，可采取以下措施：

1. 明确法律后果与催促回复
   首先需确认补充协议是否已满足生效条件（如双方签字盖章、法定形式等）。若协议尚未生效，供应商不回复可能构成消极拖延。此时可通过书面函件（如律师函、正式催告函）明确要求对方在合理期限内（如7-15日）回复，并告知逾期将视为拒绝签署或接受协议条款，同时保留追究违约责任的权利。函件中应附原协议、补充条款及沟通记录作为证据。

2. 评估原合同条款与补充协议的关联性
   若补充协议是对原合同的修改或补充，需审查原合同中是否约定了“未回复视为同意”或“沉默条款”。例如，原合同可能规定“任何修改需书面确认，逾期未回复视为拒绝”，此时供应商不回复即明确拒绝，需按原合同履行；若原合同无此类条款，则需结合交易习惯判断——若供应商曾对类似补充协议采取默认接受态度，可能被推定为同意。

3. 考虑解除合同或主张违约责任
   若补充协议涉及核心条款（如价格、交货期、质量标准），且供应商不回复导致合同目的无法实现，可依据《民法典》第563条主张解除合同，并要求赔偿损失（如差价损失、预期利益损失）。若供应商已部分履行原合同，但拒绝补充协议导致后续履行障碍，可主张其承担违约责任，包括继续履行、赔偿损失或支付违约金（若合同有约定）。

4. 替代方案：单方通知与新要约
   若补充协议非必须双方签署（如仅变更付款方式），可尝试通过单方通知形式变更合同（需原合同无禁止性条款）。例如，发送书面通知告知供应商“自通知送达之日起，付款方式变更为XX，逾期未异议视为接受”。若供应商仍不回复，可结合其后续行为（如按新方式付款）推定其接受变更。

5. 预防性措施：完善合同条款
   未来签订合同时，建议增加“补充协议签署规则”条款，例如：

   • 明确补充协议需双方签字盖章后生效；
     
   • 约定“任何一方收到补充协议草案后XX日内未回复，视为拒绝签署”；
     
   • 规定“沉默不构成同意，但一方实际履行补充协议内容的视为接受”。
     

行动建议：

• 立即发送书面催告函，固定供应商不回复的证据；
  
• 审查原合同与补充协议的关联性，评估法律风险；
  
• 若涉及重大利益，可委托律师起草正式律师函，增强威慑力；
  
• 同步准备替代方案（如寻找新供应商），降低损失扩大风险。
  

如有具体协议内容或沟通记录，可进一步向我提供，我会结合细节分析最优解决方案。