您遇到的情况可以通过法律途径解决，核心思路是先确认侵权事实和损失，再通过协商、行政投诉或诉讼等方式主张权益。以下是具体分析：

1. 确认侵权事实和损失范围

• 关键证据：需证明农田被侵占的事实（如土地承包合同、土地权属证书、现场照片、村委会/政府文件等），以及侵占面积、时间（影响赔偿计算）。
• 损失计算：包括被占农田的直接经济损失（如农作物收益、土地租金）和潜在损失（如土地复垦费用、未来收益减少）。若涉及集体土地，还需确认是否符合公共利益（如修路是否经合法审批）。

2. 协商解决（优先尝试）

• 联系责任方：直接与修路单位（如村委会、乡镇政府、交通部门）沟通，要求补偿或恢复土地原状。
• 协商要点：明确补偿标准（可参考当地征地补偿标准）、补偿方式（一次性或分期）、土地复垦责任等，并签订书面协议。

3. 行政投诉（若协商无果）

• 投诉对象：向当地自然资源部门（原国土局）或农业农村部门反映，要求调查侵占行为是否合法。
• 法律依据：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上政府责令退还土地，没收违法所得。
• 流程：提交书面投诉材料（包括证据），部门受理后会调查并出具处理意见。

4. 法律诉讼（最终手段）

• 起诉对象：若侵占行为违法且未获补偿，可起诉修路单位或政府相关部门，要求停止侵害、赔偿损失或返还土地。
• 诉讼要点：
  • 时效问题：民事诉讼时效为3年，自知道权益受损之日起算；行政诉讼时效为6个月（自知道行政行为之日起）。但若侵占行为持续存在，时效可能重新计算。
  • 证据充分性：需证明侵占行为与损失之间的因果关系，建议委托专业机构评估损失。
• 可能结果：法院判决补偿金额或责令恢复土地，若对方不履行可申请强制执行。

5. 特殊情况处理

• 若修路已获合法审批：需确认是否按标准补偿。若未补偿，可要求补办手续并支付补偿；若补偿过低，可申请行政复议或诉讼。
• 若涉及集体土地：需确认是否经村民会议或代表会议同意，程序是否合法。

建议行动步骤：

1. 收集证据（土地证明、侵占照片、沟通记录等）；
   
2. 先尝试协商，明确诉求；
   
3. 若无效，向自然资源部门投诉；
   
4. 仍无解决，考虑委托律师起诉。
   

提示：时间越久，证据可能灭失（如土地现状变化），建议尽快处理。若有具体文件或细节需要分析，可进一步提供信息，我会帮您梳理法律风险。