针对您因自家出行不便而修路，却被政府部门指出占用农田的问题，以下是结合法律实务经验的详细分析与建议：
一、核心结论
- 立即停止施工并配合调查：若政府部门已介入调查，您应立即停止施工，避免进一步扩大违法状态，并积极配合政府部门的调查工作。
- 核实土地性质与规划：通过合法途径核实所修道路是否确实占用了农田，以及该农田是否属于基本农田保护范围。
- 寻求合法解决方案：根据核实结果，与政府部门协商，寻求合法合规的解决方案，如调整道路规划、办理用地手续或申请补偿等。
二、详细分析与建议
立即停止施工并配合调查
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，未经批准擅自占用土地进行建设属于违法行为。若政府部门已介入调查，您应立即停止施工，避免因继续施工而面临更严厉的处罚。
- 建议行动：主动与政府部门联系，表明愿意配合调查的态度，并询问具体违法事实、处罚依据及整改要求。
核实土地性质与规划
- 土地性质核实：通过向当地国土资源部门或农业农村部门查询，确认所修道路是否占用了农田，以及该农田是否属于基本农田保护范围。基本农田受到更严格的保护，未经批准不得占用。
- 规划情况了解：了解当地土地利用总体规划和城乡规划，确认所修道路是否符合规划要求。若道路规划与现有规划不符，可能需要调整规划或重新申请用地手续。
- 建议行动：收集相关证据材料，如土地权属证明、规划图纸等，以便在后续协商或法律程序中证明自己的权益。
寻求合法解决方案
- 调整道路规划：若所修道路确实占用了农田且不符合规划要求，您可以考虑与政府部门协商调整道路规划，选择其他不占用农田的路线。
- 办理用地手续：若道路建设符合规划要求但未办理用地手续，您可以向当地国土资源部门申请办理用地手续，包括土地征收、农用地转用审批等。
- 申请补偿：若道路建设占用了您的承包地或自有土地，且您因修路而遭受了损失，您可以根据相关法律法规向政府部门申请补偿。补偿标准通常根据土地类型、面积、用途及当地经济发展水平等因素确定。
- 法律途径：若与政府部门协商无果，您可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
三、注意事项
- 保持沟通：与政府部门保持密切沟通，及时了解调查进展和整改要求，积极配合政府部门的工作。
- 保留证据：妥善保管与修路相关的所有证据材料，如合同、发票、照片、视频等，以便在后续协商或法律程序中使用。
- 遵守法律：在处理此事过程中，务必遵守相关法律法规和政策规定，避免因违法行为而面临更严重的后果。
希望以上分析和建议能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。