司法鉴定机构违法违规行为主要由司法行政部门进行处理。以下是对这一问题的详细解答：

1. 处罚主体：

   • 对司法鉴定机构进行处罚的主体主要是司法行政部门，这包括省、自治区、直辖市人民政府司法行政部门以及设区的市人民政府司法行政部门。这些部门负责对本行政区域内的司法鉴定机构进行监督管理，并依法对违法违规行为进行处罚。

2. 处罚依据：

   • 处罚主要依据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》、司法部发布的《司法鉴定机构登记管理办法》以及其他相关法律法规和规章。这些规定明确了司法鉴定机构的执业规范和违法违规行为的具体情形及相应处罚措施。

3. 常见的违法违规行为及对应的处罚措施：

   • 未取得许可证擅自鉴定：未取得《司法鉴定许可证》擅自设立司法鉴定机构或擅自面向社会开展司法鉴定，将受到警告，并责令改正；逾期不改的，予以取缔；有违法所得的，处违法所得1倍以上3倍以下的罚款，但最高不得超过人民币3万元；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   • 超出登记业务范围从事司法鉴定活动：在未经登记或批准的业务领域开展鉴定工作，视情节轻重，可能会受到警告、责令改正、停止从事司法鉴定业务、没收违法所得等处罚。
   • 提交虚假证明文件或骗取设立登记：通过提交虚假证明文件或采取其他欺诈手段骗取设立登记，除按照相关规定由登记管理机关予以注销外，有违法所得的，处违法所得1倍以上3倍以下的罚款，但最高不得超过人民币3万元；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   • 其他违法违规行为：如年检中弄虚作假、违反保密或回避规定、拒绝接受司法鉴定委托或无正当理由拒绝出庭作证、不正当手段招揽业务、严重不负责任行为或故意作虚假鉴定等，均将依据相关法律法规受到相应处罚，包括警告、罚款、没收违法所得、停业处罚、撤销登记等。

4. 处罚程序：

   • 对司法鉴定机构的处罚程序通常包括立案调查、审查决定和送达执行三个步骤。司法行政部门在接到举报、投诉或在监督检查中发现司法鉴定机构存在违法违规行为时，会予以立案，并展开调查。调查过程中会收集相关证据，听取当事人的陈述和申辩。根据调查结果，司法行政部门会按照法律法规的规定，对案件进行审查，并根据审查结果作出相应的处罚决定。行政处罚决定书会按照法律规定送达当事人，并监督当事人在决定的期限内履行生效的行政处罚决定。

总结与建议： 司法鉴定机构必须严格遵守相关法律法规和规章规定，确保鉴定活动的合法性和公正性。如有违法违规行为，将依法受到相应的处罚，以维护司法鉴定的权威性和公信力。如果您或您身边的机构遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和帮助。