结论：儿子有贷款逾期，一般情况下不会直接扣父亲账户的钱，但存在特殊情况可能导致父亲账户资金受影响。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况：贷款逾期的责任主体
在贷款关系中，借款人（即儿子）是贷款合同的直接责任主体。如果儿子未能按时偿还贷款，银行或贷款机构通常会首先向儿子本人追讨欠款，包括通过电话、短信、邮件等方式催收，甚至可能采取法律手段如起诉、申请强制执行等。在正常情况下，儿子的贷款逾期不会直接影响到父亲账户的资金。
二、特殊情况：可能影响父亲账户的情形
共同借款人或担保人：
- 如果父亲作为儿子的贷款共同借款人或担保人，在儿子无法偿还贷款时，银行或贷款机构有权要求父亲承担还款责任。
- 在这种情况下，如果儿子逾期未还，银行可能会从父亲账户中扣款以偿还贷款。
账户关联或授权：
- 如果儿子和父亲之间存在账户关联（如共同账户、授权扣款等），且儿子在贷款时提供了这种关联作为还款方式，那么银行在儿子逾期时可能会从关联账户中扣款。
- 但这种情况通常需要儿子和父亲之间的明确授权和同意，且银行在操作时会遵循严格的程序和规定。
法律执行程序：
- 如果儿子因贷款逾期被银行起诉并败诉，且法院判决儿子必须偿还贷款但儿子未履行，银行可以申请强制执行。
- 在强制执行过程中，如果法院发现儿子名下没有足够财产可供执行，但父亲有财产且与儿子有经济往来或存在其他关联，法院可能会考虑执行父亲的财产（但这种情况非常罕见，且需要严格的法律程序和证据支持）。
三、法律建议
了解贷款合同条款：
- 父亲应仔细阅读儿子贷款合同的条款，特别是关于还款责任、担保责任、账户关联等方面的规定，以明确自己的法律责任和风险。
保持账户独立：
- 除非必要且经过充分考虑，否则不建议父亲与儿子之间建立账户关联或提供担保。保持账户独立可以降低因儿子贷款逾期而影响父亲账户的风险。
及时沟通和处理：
- 如果儿子出现贷款逾期情况，父亲应与儿子及时沟通，了解逾期原因和还款计划。同时，父亲也可以与银行或贷款机构联系，了解逾期情况和可能的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果父亲因儿子贷款逾期而面临法律纠纷或执行程序，应及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。
最后，儿子有贷款逾期一般不会直接扣父亲账户的钱，但存在特殊情况可能导致父亲账户资金受影响。父亲应了解贷款合同条款、保持账户独立、及时沟通和处理逾期情况，并在必要时寻求法律帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。