结论：公司因员工玩手机扣1000元是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下可能不合法，但若符合特定条件也可能合法。以下从不同角度详细分析：

一、从工资扣除的合法性角度

1. 需有合法依据
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失”时，可按劳动合同约定要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

   • 若公司未证明玩手机导致经济损失：直接扣1000元缺乏法律依据，属于违法扣除。
     
   • 若公司能证明损失：例如员工因玩手机导致生产事故造成公司损失1万元，且劳动合同明确约定赔偿比例，则公司可按比例扣除，但每月扣除额仍受20%和最低工资限制。

2. 扣除比例限制
   假设员工月工资为5000元，20%为1000元。若公司一次性扣1000元，需满足：

   • 扣除后工资≥当地最低工资标准（如2200元）；
     
   • 扣除金额≤当月工资的20%（即1000元）。
     若员工工资较低（如3000元），20%为600元，则公司最多扣600元，扣1000元违法。

二、从规章制度合法性角度

1. 规章制度需经民主程序
   根据《劳动合同法》第四条，公司制定涉及员工切身利益的规章制度（如罚款规定）时，需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定。若公司未履行此程序，规章制度对员工无效。

2. 规章制度需公示或告知
   公司需通过培训、签字确认等方式让员工知晓规章制度内容。若员工不知情，公司依据未公示的制度扣款，同样违法。

三、从地方性法规角度

部分地区对罚款有更严格限制，例如：

• 广东省：根据《广东省劳动保障监察条例》第五十一条，用人单位不得克扣或无故拖欠工资，且罚款需符合前述经济损失赔偿条件。
  
• 江苏省：明确规定除法定情形外，用人单位不得对员工罚款。
  若公司所在地有类似规定，扣1000元可能直接违法。

法律建议

1. 核实公司依据：要求公司出具书面通知，说明扣款原因、依据及计算方式。
   
2. 检查规章制度：确认公司是否履行民主程序、公示程序，以及罚款是否与经济损失挂钩。
   
3. 计算扣除比例：根据月工资和最低工资标准，判断扣除是否超限。
   
4. 维权途径：若公司违法扣款，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁要求返还。

示例：

• 员工月工资6000元，当地最低工资2200元。公司证明玩手机导致损失5000元，劳动合同约定赔偿比例为20%（即1000元）。
  
  • 合法操作：分5个月扣除，每月扣200元（6000×20%=1200元，但赔偿额仅1000元，可一次性扣完，但需确保扣除后工资≥2200元）。
    
  • 违法操作：一次性扣1000元，且未证明损失或未履行民主程序。

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