调查询问笔录在责令限期整改通知书之后，并不必然构成违法或不合规，其合法性需结合具体情境和法律规定来判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 行政程序的一般原则

   • 行政机关在履行职责时，应当遵循法定程序，确保程序的公正性和合法性。调查询问笔录和责令限期整改通知书都是行政程序中的环节，它们的顺序并非绝对固定，而是取决于案件的具体情况和行政机关的执法需要。
   • 如果调查询问笔录是在发现违法行为或安全隐患后，为了进一步了解情况、收集证据而进行的，而责令限期整改通知书是基于这些调查和证据作出的，那么这种顺序是合理的。

2. 调查询问笔录的目的与性质

   • 调查询问笔录是行政机关在执法过程中，为了了解案件事实、收集证据而制作的书面记录。它通常发生在行政机关初步发现违法行为或安全隐患之后，是进一步调查和取证的重要手段。
   • 如果责令限期整改通知书是在调查询问笔录之后发出的，这可能意味着行政机关在发出整改通知前，已经对案件进行了充分的调查和了解，确保了整改决定的针对性和有效性。

3. 责令限期整改通知书的依据与程序

   • 责令限期整改通知书是行政机关基于调查结果和法律规定，对违法行为或安全隐患作出的具体行政行为。它应当明确整改的内容、期限和要求，并告知当事人相关的权利和义务。
   • 在发出责令限期整改通知书前，行政机关应当确保已经收集了充分的证据，证明了违法行为的存在和整改的必要性。如果调查询问笔录是这些证据之一，那么它在整改通知书之前进行并不违反法律规定。

4. 可能的违法情形

   • 如果行政机关在未进行充分调查或未收集足够证据的情况下，就发出责令限期整改通知书，这可能构成程序违法。但这种情况与调查询问笔录的顺序无直接关系，而是与行政机关的执法程序和证据收集有关。
   • 另外，如果调查询问笔录的制作过程存在违法行为（如未告知当事人权利、未记录关键信息等），那么这可能影响笔录的合法性，但并不直接决定责令限期整改通知书的合法性。

建议：

• 对于当事人而言，如果认为行政机关的程序存在违法或不合规之处，可以及时向行政机关提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
• 在实际操作中，行政机关应当严格遵守法定程序，确保调查询问笔录和责令限期整改通知书的制作和发出都符合法律规定，以维护行政程序的公正性和合法性。

如有任何具体案件或情境下的疑问，可以直接向我咨询，我会结合具体情况给出更详细的法律分析。