结论：关于工程项目签完合同进场交章交点后还需交1000000保证金是否可以做，这并非一个简单的“可以”或“不可以”的问题，而是需要综合考虑多个因素，包括合同条款、保证金性质、公司财务状况及风险承受能力等。以下是对此问题的详细分析：
一、合同条款的审查
保证金条款的明确性：
- 首先，需要仔细审查合同中关于保证金的条款，包括保证金的金额、支付方式、支付时间、退还条件等。
- 如果合同中明确规定了需要支付1000000保证金，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么从合同层面来看，支付保证金是符合合同约定的。
保证金性质的判断：
- 保证金通常用于确保合同的履行，如质量保证金、履约保证金等。需要明确该保证金的性质，以及它是否与合同的主要义务相关联。
- 如果保证金是作为合同履行的担保，且金额合理，那么支付保证金可能是合理的。但如果保证金金额过高，或者与合同主要义务无直接关联，那么可能需要谨慎考虑。
二、公司财务状况及风险承受能力
财务状况的评估：
- 在决定是否支付保证金前，需要对公司的财务状况进行全面评估，包括资金流动性、负债情况、盈利能力等。
- 如果公司资金充裕，且支付保证金不会对公司财务造成重大影响，那么可以考虑支付。但如果公司资金紧张，或者支付保证金将严重影响公司的正常运营，那么可能需要重新考虑。
风险承受能力的考量：
- 支付保证金意味着公司需要承担一定的风险，如对方违约时保证金可能无法退还。因此，需要评估公司对这种风险的承受能力。
- 如果公司对风险有较高的承受能力，且认为支付保证金是必要的，那么可以考虑支付。但如果公司对风险较为敏感，或者认为支付保证金的风险过大，那么可能需要寻求其他解决方案。
三、法律风险的防范
合同合法性的审查：
- 在支付保证金前，需要确保合同本身是合法有效的，不违反法律法规的强制性规定。
- 如果合同存在违法或无效的情形，那么支付保证金可能面临法律风险。
保证金退还机制的明确：
- 合同中应明确保证金的退还条件、退还时间等，以避免在合同履行过程中产生纠纷。
- 如果合同中未明确保证金退还机制，或者退还机制存在模糊之处，那么可能需要与对方协商补充明确，或者寻求法律途径解决。
四、实际操作建议
与对方协商：
- 在决定是否支付保证金前，可以与对方进行协商，了解对方对保证金的看法和要求，以及是否可以调整保证金金额或支付方式等。
寻求专业法律意见：
- 如果对合同条款、保证金性质或法律风险等方面存在疑问或不确定之处，可以寻求专业法律意见，以确保公司的合法权益得到保障。
总结来说，工程项目签完合同进场交章交点后还需交1000000保证金是否可以做，需要综合考虑合同条款、保证金性质、公司财务状况及风险承受能力等多个因素。在做出决定前，建议进行全面评估并寻求专业法律意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。