在公司自行清算的过程中，通常由清算组负责与中介签订协议。以下是对这一问题的详细分析：

1. 清算组的组成与职责：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司自行清算时，应当成立清算组。清算组的成员通常由公司的股东、董事或高级管理人员组成，具体组成方式可能因公司章程或股东会决议而有所不同。
   • 清算组的主要职责包括清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、处理与清算有关的公司未了结的业务、清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款、清理债权债务、处理公司清偿债务后的剩余财产等。在与中介签订协议方面，清算组作为公司的代表，有权进行相关法律行为。

2. 与中介签订协议的具体情境：

   • 在清算过程中，公司可能需要聘请会计师事务所、律师事务所等中介机构提供专业服务，如审计、法律咨询等。此时，清算组作为公司的决策和执行机构，将负责与这些中介机构签订服务协议。
   • 协议内容通常包括服务范围、服务费用、支付方式、保密条款等。清算组在签订协议时，应确保协议内容符合公司利益，并遵守相关法律法规的规定。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 如果公司章程或股东会决议对清算组的权限有特别规定，或者对与中介签订协议有特定要求，清算组应遵循这些规定和要求。
   • 在某些情况下，如果清算组成员之间存在利益冲突或无法达成一致意见，可能需要通过股东会决议或其他方式来确定与中介签订协议的具体事宜。

4. 法律建议：

   • 在清算过程中，清算组应谨慎选择中介机构，确保其具备相应的专业资质和良好信誉。
   • 签订协议前，清算组应仔细审查协议条款，确保协议内容合法、合规，并符合公司利益。
   • 如果在清算过程中遇到复杂或疑难问题，建议及时咨询专业律师或相关机构，以获取专业指导和支持。

综上所述，公司自行清算时，通常由清算组负责与中介签订协议。清算组在履行这一职责时，应遵守相关法律法规的规定，确保协议内容合法、合规，并符合公司利益。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。