针对水利工程违反质量终身责任制的情况，处理方式需结合具体违法情形、责任主体及损害后果综合判断。以下是分情况说明及法律依据：

1. 责任主体认定与追责
   根据《水利工程质量管理规定》（2023年修订）及《建设工程质量管理条例》，质量终身责任制的责任主体包括：
   

• 建设单位：对工程质量负首要责任，若存在压缩合理工期、降低标准等行为导致质量问题，需承担行政处罚（如罚款、停业整顿）及民事赔偿；
  
• 勘察、设计、施工单位：若因设计缺陷、施工偷工减料等直接导致质量问题，需承担修复费用、返工损失及行政处罚；
  
• 项目负责人：根据《建筑工程五方责任主体项目负责人质量终身责任追究暂行办法》，项目负责人（如项目经理、总监理工程师）需在工程使用年限内对质量问题承担终身责任，包括但不限于行政处罚、行业禁入及刑事责任（如重大安全事故罪）。

1. 行政处罚措施
   

• 对单位：根据《建设工程质量管理条例》第55-64条，可处以工程合同价款2%-4%的罚款，情节严重者吊销资质证书；
  
• 对个人：对直接责任人员处单位罚款数额5%-10%的罚款，并可建议行业主管部门撤销执业资格（如一级建造师、监理工程师等）。

1. 民事赔偿与修复责任
   

• 若质量问题导致第三方损失（如周边居民财产受损），责任主体需承担侵权赔偿责任；
  
• 根据《民法典》第802条，因施工人原因致工程质量不符合约定的，发包人有权要求无偿修理或返工、改建，并赔偿损失。

1. 刑事责任风险
   

• 若质量问题引发重大安全事故（如溃坝、人员伤亡），可能触犯《刑法》第137条【工程重大安全事故罪】，对直接责任人员处5年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；后果特别严重的，处5-10年有期徒刑。

建议行动步骤：

1. 立即整改：责任主体应委托专业机构评估质量问题，制定修复方案并实施；
   
2. 主动报告：向水利主管部门提交书面报告，说明问题原因、整改措施及预防方案；
   
3. 配合调查：若主管部门介入，需积极配合提供施工记录、检测报告等证据；
   
4. 法律救济：若对处罚有异议，可在收到处罚决定书60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。

典型案例参考：
某水库除险加固工程中，因施工单位使用不合格混凝土导致坝体渗漏，水利部门依据《建设工程质量管理条例》第64条对施工单位处以工程合同价款3%的罚款，并责令限期修复；项目负责人被撤销一级建造师注册资格，5年内不得再次申请。

如需进一步分析具体案件中的责任划分或证据固定，可直接向我咨询，我会结合工程合同、检测报告等材料提供专项建议。