侵权软件的管理部门主要取决于侵权行为的性质和涉及的领域，但一般来说，市场监督管理部门和版权管理部门是处理软件侵权问题的主要机构。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
市场监督管理部门：
- 职责范围：市场监督管理部门负责监管市场秩序，包括打击假冒伪劣产品、不正当竞争行为等。在软件侵权领域，如果侵权行为涉及销售盗版软件、未经授权复制或分发软件等，这些行为往往也构成了对市场秩序的破坏，因此市场监督管理部门有权进行查处。
- 处理方式：市场监督管理部门在接到投诉或发现侵权行为后，会进行调查取证，并根据相关法律法规对侵权者进行处罚，包括罚款、没收违法所得、责令停止侵权行为等。
版权管理部门：
- 职责范围：版权管理部门专门负责版权保护工作，包括软件版权的登记、保护、维权等。在软件侵权案件中，如果侵权行为主要涉及侵犯软件著作权，如未经授权复制、发行、表演、放映、广播、汇编、通过信息网络向公众传播软件等，版权管理部门是主要的处理机构。
- 处理方式：版权管理部门在接到投诉或发现侵权行为后，会进行调查核实，并根据《中华人民共和国著作权法》等相关法律法规对侵权者进行处罚，包括责令停止侵权行为、没收违法所得、罚款、没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等；情节严重的，还可以没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备，并处以罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
其他相关部门：
- 公安机关：如果软件侵权行为涉嫌犯罪，如侵犯著作权罪等，公安机关将介入调查，并依法追究侵权者的刑事责任。
- 网络监管部门：对于通过网络进行的软件侵权行为，网络监管部门也有权进行查处，包括要求网络服务提供者删除、屏蔽侵权内容等。
在实际操作中，如果发现软件侵权行为，建议首先向市场监督管理部门或版权管理部门进行投诉。这些部门会根据侵权行为的性质和涉及的领域进行调查处理，并依法对侵权者进行处罚。同时，如果侵权行为涉嫌犯罪，也可以向公安机关报案，以便依法追究侵权者的刑事责任。
此外，作为软件的使用者或开发者，我们也应该增强版权意识，尊重他人的知识产权，不使用或开发盗版软件，共同维护良好的市场秩序和版权环境。如果您在软件使用或开发过程中遇到任何法律问题或纠纷，欢迎随时向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律帮助。