软件著作权主要由国家版权局及其地方分支机构负责管理。

1. 国家层面：

   • 国家版权局（与国家新闻出版署一个机构、两块牌子）是国务院著作权行政管理部门，主管全国的著作权管理工作。其职责包括贯彻实施著作权法律、法规，处理著作权侵权纠纷，批准设立著作权集体管理机构等，并特别承担组织推进软件正版化工作，维护良好的版权环境。

2. 地方层面：

   • 各省、自治区、直辖市人民政府设立的版权局或承担版权管理职能的部门，负责本行政区域内的著作权管理工作，业务上接受国家版权局的指导。这包括对当地的著作权登记、使用情况进行监督管理，以及处理发生在本辖区内的著作权纠纷和侵权案件。

因此，无论是从国家层面还是地方层面，软件著作权的管理都主要由版权局及其相关机构负责。如果您在软件著作权方面有任何问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会为您提供专业的法律帮助。