结论：在双方事故中，若三者车为营运车辆且承担次要责任，标的车是否需要赔付营运损失费，需根据事故责任比例、保险条款及实际损失情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
1. 责任比例与赔偿原则
根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条，机动车交通事故责任赔偿顺序为：交强险→商业三者险→侵权人（车主/驾驶员）。
- 交强险部分：交强险财产损失限额为2000元，若三者车营运损失属于财产损失范畴，可优先在此限额内赔付。但需注意，交强险通常不直接覆盖间接损失（如营运损失），实践中需结合具体条款和法院裁判观点。
- 商业三者险部分：若保险合同明确约定“营运损失属于免责范围”，则保险公司可能拒赔，需由侵权人自行承担；若未约定或约定不明，保险公司可能需按责任比例赔付。
- 责任比例：若标的车承担主要责任（如70%），三者车次责（如30%），则标的车需对三者车的营运损失按70%比例赔偿，剩余30%由三者车自行承担或通过其车损险赔付。
2. 营运损失的认定与举证
- 合法性：三者车需证明其属于合法营运车辆（如持有道路运输证），且事故导致实际停运。
- 损失计算：通常按“日均收入×停运天数”计算，需提供：
- 营运合同、收入证明（如银行流水、纳税记录）；
- 维修厂出具的维修时间证明；
- 交警部门出具的事故责任认定书。
- 合理性：法院可能根据行业平均水平调整过高或过低的索赔金额。
3. 保险条款的特别约定
- 免责条款：部分商业三者险将“停运损失”列为免责事项，需标的车车主仔细阅读保险合同。若保险公司已尽到提示说明义务（如加粗字体、投保人签字确认），则免责条款有效。
- 诉讼风险：若保险公司拒赔，三者车可能直接起诉标的车车主及保险公司，此时法院将审查保险条款效力及事故责任比例。
4. 实务建议
- 标的车车主：
- 立即报案并通知保险公司，保留事故现场证据；
- 核对保险条款，确认营运损失是否在免责范围内；
- 若三者车索赔金额过高，可要求其提供完整收入证明，或申请法院委托鉴定机构评估损失。
- 三者车车主：
- 及时固定停运证据（如维修记录、营运合同）；
- 优先通过标的车交强险和商业三者险索赔，不足部分再向侵权人主张；
- 若保险公司拒赔，可同步起诉车主和保险公司，要求法院判决保险公司直接赔付。
5. 示例计算
假设三者车日均营运收入为1000元，停运10天，总损失为10,000元。若标的车承担70%责任：
- 标的车需赔偿：10,000元 × 70% = 7,000元；
- 三者车自行承担：10,000元 × 30% = 3,000元（可通过其车损险或自行承担）。
总结：标的车是否需赔付营运损失，需结合责任比例、保险条款和实际损失综合判断。建议双方车主在事故后及时沟通，必要时委托律师介入处理，以降低诉讼风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。