在行政诉讼中，若发现被告伪造搬迁协议，可采取以下措施处理：

1. 立即提出异议并申请鉴定
   在诉讼过程中，一旦发现被告提交的搬迁协议存在伪造嫌疑，应第一时间向法院提出书面异议，明确指出协议的真实性存疑，并申请法院委托专业鉴定机构对协议的真实性进行鉴定（如笔迹鉴定、形成时间鉴定等）。这是揭露伪造行为最直接、最有效的手段。

2. 收集并提交反证
   在提出异议的同时，积极收集能够证明搬迁协议伪造的其他证据。例如，原始的、真实的搬迁协商记录、录音录像、证人证言等，这些证据可以形成完整的证据链，证明被告提交的协议并非双方真实意思表示，从而削弱其证明力。

3. 要求法院追究被告的法律责任
   如果鉴定结果或反证足以证明被告确实伪造了搬迁协议，根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，被告的行为可能构成妨碍诉讼的行为。此时，可以依法要求法院对被告进行训诫、罚款，甚至建议对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分；构成犯罪的，还应依法追究刑事责任。

4. 关注诉讼结果并申请再审（如必要）
   如果因被告伪造证据导致法院作出了不利于己方的判决，且该判决已经生效，可以在知道或应当知道该伪造行为之日起六个月内，向上一级人民法院申请再审。再审过程中，应重点阐述被告伪造证据的事实及其对原判决的影响，争取撤销原判决，维护自身合法权益。

额外提醒：在整个处理过程中，务必保持冷静，遵循法律程序，不要采取过激行为。同时，建议咨询专业律师（虽然这里是我直接为你解答，但实际操作中若遇到复杂情况，确实需要律师的协助来制定更详细的诉讼策略），以确保每一步都合法合规，有效维护自身权益。