结论：关于农村废弃学校用地种植树木后，村集体将用地重建时树木是否需要赔偿的问题，这主要取决于树木的权属以及村集体重建用地的合法性和程序。以下从不同角度进行分析：
树木权属问题：
- 如果树木是由您或您的家庭在废弃学校用地上种植，并且您能够证明这些树木的所有权（例如，通过种植记录、证人证言等），那么在村集体重建用地时，您有权要求相应的赔偿。赔偿的具体金额和方式可能需要通过协商或法律途径确定，通常会考虑树木的种类、大小、生长年限以及市场价值等因素。
- 如果树木的权属存在争议，或者您无法证明树木的所有权，那么村集体在重建用地时可能无需对树木进行赔偿。在这种情况下，您可能需要通过法律途径解决权属争议。
村集体重建用地的合法性和程序：
- 村集体在重建用地前，必须确保已经获得了合法的用地手续，包括土地使用权证、规划许可证等。如果村集体未取得合法手续就进行重建，那么其行为可能构成违法，您有权向相关部门举报并要求处理。
- 即使村集体取得了合法手续，其在重建过程中也必须遵守相关法律法规和程序，包括与土地使用权人（如您）进行协商、签订补偿协议等。如果村集体未履行这些程序就擅自拆除树木或进行重建，那么您有权要求其承担相应的法律责任。
赔偿的法律依据和程序：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，因公共利益需要征收土地或进行重建时，应当给予土地使用权人合理的补偿。补偿的范围通常包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物（如树木）的补偿费等。
- 如果您认为村集体在重建过程中未给予您合理的补偿，您可以先与村集体进行协商，尝试达成补偿协议。如果协商无果，您可以向当地土地管理部门或政府相关部门申请调解或裁决。如果仍无法解决问题，您还可以向人民法院提起诉讼，要求村集体承担相应的法律责任。
建议：
- 在处理此类问题时，建议您先收集并保存好与树木权属相关的证据材料，如种植记录、证人证言等。
- 同时，了解并关注村集体重建用地的合法性和程序问题，确保自己的权益不受侵害。
- 如果与村集体协商无果或遇到其他法律问题，欢迎随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。