关于中介机构按申报专项资金高比例收取服务费是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要结合具体情况和相关法律法规进行综合分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：

1. 合同约定角度：

   • 如果中介机构与委托方在合同中明确约定了按照申报专项资金的高比例收取服务费，并且这一约定是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有损害国家、集体或第三人的利益，那么这种约定在法律上是有效的，中介机构按照约定收取服务费是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。因此，如果合同中有明确约定，且符合上述条件，中介机构可以按约定收取服务费。

2. 费用合理性角度：

   • 即使合同中有约定，但如果中介机构收取的服务费比例过高，明显超出了市场合理水平，或者与中介机构提供的服务内容、质量不成正比，那么这种收费行为可能被视为不公平、不合理的，有可能引发法律纠纷。
   • 建议：在这种情况下，委托方可以与中介机构进行协商，要求调整服务费比例。如果协商不成，委托方可以向相关部门投诉或寻求法律救济，以维护自己的合法权益。

3. 法律法规限制角度：

   • 某些特定类型的专项资金申报可能受到特定法律法规的监管，这些法律法规可能对中介机构的收费行为有明确的限制或禁止性规定。
   • 操作建议：在签订合同前，中介机构和委托方都应仔细研究相关法律法规，确保收费行为符合法律要求。如果法律法规对收费比例有明确规定，那么中介机构必须按照规定执行，否则将面临法律责任。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，中介机构应确保自己的收费行为透明、公正，避免给委托方留下不合理的收费印象。
   • 委托方在签订合同前，应仔细阅读合同条款，特别是关于服务费的部分，确保自己能够接受并理解合同内容。
   • 如果双方对服务费比例存在争议，可以寻求第三方机构（如行业协会、消费者协会等）的调解或仲裁，以达成双方都能接受的解决方案。

总结来说，中介机构按申报专项资金高比例收取服务费是否合法，取决于合同约定、费用合理性、法律法规限制以及实际操作中的注意事项等多个因素。如果你或你所在的企业面临类似问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。