食药所所长在检查药店时乱下结论称其非法购进药品，其本人是否违法需分情况讨论：

1. 若所长存在故意或重大过失，且该结论对药店造成了实际损害，则可能构成违法：

   • 故意行为：如果所长明知药店并未非法购进药品，却出于个人目的（如报复、谋取私利等）故意作出虚假结论，这种行为可能构成滥用职权或诬告陷害等违法行为。滥用职权是指国家机关工作人员故意逾越职权，不按或违反法律决定、处理其无权决定、处理的事项，或者违反规定处理公务，致使侵吞公共财产、国家和人民遭受重大财产损失等行为。诬告陷害则是指捏造事实诬告陷害他人，意图使他人受刑事追究，情节严重的行为。
   • 重大过失：如果所长在检查过程中未尽到合理的注意义务，如未仔细核查药品来源、未听取药店的合理解释等，导致作出错误结论，并且该结论对药店造成了实际损害（如声誉受损、经济损失等），则所长可能因重大过失而承担相应的法律责任。这种责任可能包括行政责任（如警告、记过、降级等）或民事责任（如赔偿药店因此遭受的损失）。

2. 若所长行为属于正常履职范围内的轻微失误，且未造成实际损害，则一般不构成违法：

   • 正常履职：食药所所长作为药品监管部门的负责人，有责任对药店的药品购进、储存、销售等环节进行监督检查。在检查过程中，如果所长基于初步观察或有限信息作出了初步结论，但后续经进一步调查发现该结论有误，且该结论未对药店造成实际损害，那么这种行为通常被视为正常履职范围内的轻微失误，不构成违法。
   • 未造成实际损害：即使所长的结论存在错误，但如果该结论未对药店的声誉、经济利益等造成实际损害，或者药店能够及时提供证据证明自身清白并消除不良影响，那么所长一般不需要承担法律责任。

法律建议：

• 对于药店而言，如果认为所长的结论存在错误或不当，可以及时向食药所或上级主管部门提出申诉或复议申请，要求重新调查并纠正错误结论。
• 如果所长的行为已经对药店造成了实际损害，药店可以考虑通过法律途径维护自身权益，如提起行政诉讼或民事诉讼等。
• 对于所长而言，在履职过程中应严格遵守法律法规和监管要求，确保检查结论的准确性和公正性。如果因个人原因导致错误结论并造成不良后果的，应主动承担责任并积极配合调查处理。

可能涉及的法律条款：

• 《中华人民共和国刑法》第三百九十七条（滥用职权罪）、第二百四十三条（诬告陷害罪）等相关条款。
• 《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国药品管理法》等相关法律法规中关于行政机关工作人员履职责任的规定。

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