刑拘超过90天，并不直接等同于该阶段就计入刑期。刑期的计算是一个复杂且严谨的法律过程，它涉及到多个法律阶段和具体的法律规定。以下是我从不同角度为你详细分析的解答：

1. 刑事拘留的性质与期限：

   • 刑事拘留是刑事诉讼中的一种强制措施，用于暂时剥夺犯罪嫌疑人的人身自由，以便进行进一步的侦查和审查。
   • 根据《刑事诉讼法》的规定，刑事拘留的期限一般不超过37天。但在特殊情况下，如涉及流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，拘留期限可以延长至30日，并需报请人民检察院审查批准，延长后的总期限可达37日。然而，这并不意味着拘留可以无限期延长至90天或更久。若案件复杂，需要更长时间的侦查，通常会转为逮捕或其他强制措施。

2. 刑期的计算起点：

   • 刑期的计算通常是从判决执行之日起计算，而不是从刑事拘留之日起计算。
   • 在判决执行前，犯罪嫌疑人可能经历刑事拘留、逮捕、审查起诉、审判等多个阶段。这些阶段的时间通常不计入刑期，除非法律有特别规定（如先行羁押的，羁押一日折抵刑期一日，但这主要适用于有期徒刑等刑罚，且需满足一定条件）。

3. 刑拘超过90天的可能情况与处理：

   • 如果刑拘确实超过了法定期限（如37天），这可能涉及超期羁押的问题。超期羁押是违法的，犯罪嫌疑人或其辩护人有权向相关部门提出申诉或控告。
   • 在实践中，如果案件复杂，需要更长时间的侦查和审查，公安机关或检察机关通常会依法将强制措施变更为逮捕，并继续进行侦查和审查工作。此时，犯罪嫌疑人将继续处于被羁押状态，但这一状态并不直接等同于刑期的开始。

4. 刑期计算的具体规定：

   • 对于有期徒刑等刑罚，刑期通常是从判决执行之日起计算。如果犯罪嫌疑人在判决执行前被先行羁押的，羁押一日可以折抵刑期一日。但这一折抵规则并不适用于所有刑罚类型，也不适用于所有情况（如被判处管制、拘役的，羁押时间不能折抵刑期）。
   • 刑期的具体计算还需考虑判决中的其他因素，如缓刑、假释等。这些因素都会影响刑期的实际执行时间。

总结与建议：

• 刑拘超过90天并不直接等同于该阶段就计入刑期。刑期的计算是一个复杂且严谨的法律过程，需要综合考虑多个因素。
• 如果你或你身边的人遇到了刑拘超过法定期限的情况，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和权利保障措施。
• 作为犯罪嫌疑人或其家属，应积极配合司法机关的工作，同时关注案件的进展和自身的合法权益。

希望以上解答能对你有所帮助。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。