结论：楼顶被占用时，有权起诉的主体取决于楼顶的产权归属及具体占用情况，一般包括业主、业主委员会或物业服务企业等。
分析说明：
楼顶产权归全体业主共有：
- 在大多数住宅小区中，楼顶作为建筑物的一部分，其产权通常归全体业主共有。这意味着，任何单个业主或第三方未经全体业主同意，不得擅自占用或改变楼顶的使用性质。
- 有权起诉的主体：在此情况下，若楼顶被占用，全体业主或业主委员会（作为业主大会的执行机构）有权代表全体业主提起诉讼，要求占用者停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
楼顶产权归特定业主所有：
- 在某些特殊情况下，如顶层业主通过购买或协议方式获得了楼顶的专有使用权，那么楼顶的产权可能归该特定业主所有。
- 有权起诉的主体：在此情况下，若楼顶被其他业主或第三方占用，该特定业主有权直接提起诉讼，维护自己的合法权益。
物业服务企业基于管理职责：
- 物业服务企业作为小区的管理者，负责维护小区的公共秩序和公共设施。若楼顶被占用且影响了小区的整体利益或公共安全，物业服务企业有权基于其管理职责进行干预。
- 有权起诉的主体：虽然物业服务企业本身不是楼顶的产权人，但在某些情况下，它可能作为原告提起诉讼，要求占用者停止侵害行为。不过，这通常需要得到业主委员会或相关业主的授权或支持。
法律建议：
- 明确产权归属：在提起诉讼前，应首先明确楼顶的产权归属，以确定有权起诉的主体。
- 收集证据：收集相关证据，如照片、视频、证人证言等，以证明楼顶被占用的事实及占用者的身份。
- 协商与调解：在提起诉讼前，可以尝试与占用者进行协商或调解，以寻求和解的可能性。
- 提起诉讼：若协商或调解无果，有权起诉的主体可以向人民法院提起诉讼，要求占用者停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
特殊场景：
- 若楼顶被占用用于违法活动（如搭建违章建筑、存放易燃易爆物品等），不仅可能构成对产权的侵害，还可能涉及公共安全和社会秩序问题。在此情况下，除了有权起诉的主体可以提起诉讼外，相关行政部门（如城管、消防等）也可能介入处理。
后续行动：
- 在提起诉讼后，应密切关注案件的进展情况，并积极配合法院的调查和审理工作。
- 若判决结果有利于己方，应确保判决得到有效执行；若判决结果不利，可以考虑上诉或寻求其他法律救济途径。
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