水库承包50年是否合法，需结合具体情况及相关法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合同期限的法律规定

根据《中华人民共和国民法典》第七百零五条：“租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。租赁期限届满，当事人可以续订租赁合同；但是，约定的租赁期限自续订之日起不得超过二十年。”虽然该条款直接针对的是租赁合同，但水库承包合同在性质上往往与租赁合同有相似之处，即都涉及对特定资源的使用权的让渡。因此，在判断水库承包合同的期限时，可以参照该条款的精神。

1. 若水库承包合同被视为租赁合同或类似性质合同：

   • 那么合同约定的50年期限显然超过了法律规定的20年上限。
   • 在这种情况下，超过20年的部分将被视为无效，合同期限应被认定为20年。

2. 若水库承包合同具有特殊性质，不完全等同于租赁合同：

   • 则需要根据合同的具体内容、双方的权利义务、合同目的等因素进行综合判断。
   • 如果合同中包含了除使用权让渡外的其他复杂内容，如投资、建设、管理等，且这些内容使得合同性质与单纯的租赁合同有显著区别，那么可能不能直接适用20年的期限限制。
   • 但即便如此，也需确保合同期限不违反法律、行政法规的强制性规定，以及公序良俗原则。

二、特殊情况下的合同期限

在某些特殊情况下，如涉及国家重大利益、公共利益或特定政策导向的项目，合同期限可能会得到法律的特别允许或延长。然而，这种情况通常需要明确的法律依据或政府批准，且并不常见。

1. 对于水库承包合同而言：
   • 如果其涉及的是水利设施的建设、运营或管理，且得到了相关政府部门的批准或支持，那么合同期限可能会根据具体情况进行适当延长。
   • 但即便如此，也需确保延长后的期限仍然符合法律、行政法规的规定，以及不损害社会公共利益。

三、法律建议

1. 在签订水库承包合同时：

   • 应仔细审查合同条款，特别是关于合同期限的约定。
   • 确保合同期限不超过法律规定的上限，或符合特殊情况下的延长条件。
   • 如有必要，可咨询专业律师或法律机构，以获取更准确的法律意见。

2. 对于已签订的水库承包合同：

   • 如果发现合同期限超过了法律规定的上限，应及时与对方协商修改合同条款。
   • 如果协商无果，可考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。

综上所述，水库承包50年是否合法需根据具体情况及相关法律规定来判断。在签订或审查此类合同时，应谨慎对待合同期限的约定，并确保其符合法律、行政法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。