核心结论：出借人借条丢失但收到还款时，建议通过补充书面协议、保留还款证据、公证或见证等方式完善手续，以避免后续纠纷。以下是具体操作建议：

1. 补充书面还款确认协议

• 操作方式：双方可签订一份《还款确认书》，明确以下内容：
  • 原借款金额、借款时间、借条丢失事实；
  • 借款人已全额或部分还款的具体金额、时间、方式（如银行转账、现金等）；
  • 双方确认原借条作废，不再具有法律效力；
  • 双方签字并按手印，必要时可加盖公章（如涉及公司）。
• 法律效力：该协议可独立证明还款事实，即使原借条被他人拾得，也无法再主张权利。

2. 保留还款证据

• 转账记录：若通过银行、微信、支付宝等转账还款，务必保留完整的转账凭证，并备注“还款”字样。
• 收条：若为现金还款，要求借款人出具书面收条，注明“收到XX（出借人）归还的借款XX元，原借条作废”。
• 录音/录像：在沟通还款时，可录音或录像（需符合法律规定，不得侵犯他人隐私），记录借款人承认还款的事实。

3. 公证或见证

• 公证：可到公证处对《还款确认书》或还款事实进行公证，增强证据的证明力。
• 见证：邀请无利害关系的第三方（如亲友、律师）在场见证还款过程，并出具书面见证意见。

4. 防范借条被恶意利用的风险

• 公告声明：若担心借条被他人拾得后冒用，可在当地报纸或社交媒体发布声明，说明借条已丢失且借款已还清，但需注意声明内容需真实，避免侵犯他人名誉权。
• 报警备案：若借条金额较大且存在被恶意利用的风险，可向公安机关报案备案，留存相关记录。

5. 特殊情况处理

• 部分还款：若借款人仅部分还款，需在《还款确认书》中明确剩余未还金额及还款计划，避免后续争议。
• 利息问题：若原借条约定了利息，需在确认书中明确利息是否已结清，或剩余利息的计算方式。

温馨提示：借条是证明借贷关系的重要凭证，丢失后务必及时采取上述措施完善手续。若涉及金额较大或情况复杂，建议进一步向我咨询，我会根据具体情况为您提供更详细的法律建议。