在水利局对在河堤上建房的行为进行处罚时，主要依据《中华人民共和国水法》和《中华人民共和国防洪法》的相关规定，具体适用情况如下：
《中华人民共和国水法》的适用
- 法律依据：根据《水法》第三十七条第二款规定，禁止在河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物、构筑物以及从事影响河势稳定、危害河岸堤防安全和其他妨碍河道行洪的活动。
- 处罚措施：若行为人违反上述规定，在河堤上建房，水利局可依据《水法》第六十五条第一款规定，责令停止违法行为，限期拆除违法建筑物、构筑物，恢复原状；逾期不拆除、不恢复原状的，强行拆除，所需费用由违法单位或者个人负担，并处一万元以上十万元以下的罚款。
《中华人民共和国防洪法》的适用
- 法律依据：依据《防洪法》第二十二条第二款规定，禁止在河道、湖泊管理范围内建设妨碍行洪的建筑物、构筑物，倾倒垃圾、渣土，从事影响河势稳定、危害河岸堤防安全和其他妨碍河道行洪的活动。
- 处罚措施：对于违反上述规定，在河堤上建房的行为，水利局可依据《防洪法》第五十五条规定，责令停止违法行为，排除阻碍或者采取其他补救措施，可以处五万元以下的罚款。若行为人拒不执行，水利局可采取强制措施，如强行拆除等，并由行为人承担相关费用。
综合适用建议：
- 调查取证：水利局在发现违法行为后，应首先进行调查取证，确认违法事实、违法主体及违法情节等。
- 法律适用选择：根据违法行为的性质、情节及后果，水利局可选择适用《水法》或《防洪法》进行处罚。若违法行为同时违反两部法律，可依据其中处罚较重的规定进行处罚，或根据具体情况分别适用两部法律进行处罚。
- 处罚程序：在作出处罚决定前，水利局应告知当事人拟作出的处罚内容及事实、理由、依据，并告知当事人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。处罚决定作出后，应依法送达当事人，并告知其救济途径。
- 后续监管：水利局应加强对河堤等水域的监管力度，定期巡查，及时发现并制止违法行为，确保河道行洪安全。