企业非法占用耕地属于违法行为，需要承担相应的法律责任，具体处理方式如下：

1. 行政处罚：

   • 责令退还非法占用的土地：自然资源主管部门（原国土资源部门）有权责令企业退还非法占用的耕地，恢复土地原状。
   • 限期拆除或没收地上建筑物：如果企业在非法占用的耕地上新建了建筑物或其他设施，自然资源主管部门可以责令限期拆除；逾期不拆除的，可以依法没收。
   • 罚款：根据《土地管理法》及其实施条例，企业非法占用耕地的，可以按照非法占用土地面积处以罚款，罚款标准通常为每平方米一定金额（具体标准因地区而异）。
   • 其他行政措施：如责令企业限期治理被破坏的耕地、缴纳土地复垦费等。

2. 刑事责任：

   • 非法占用农用地罪：如果企业非法占用耕地数量较大（如基本农田五亩以上或一般耕地十亩以上），且造成耕地大量毁坏的，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，依法应追究刑事责任，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
   • 量刑情节：在量刑时，法院会考虑非法占用的耕地面积、毁坏程度、是否主动恢复土地原状、是否积极缴纳罚款等因素。

3. 民事责任：

   • 赔偿损失：如果企业的非法占用行为导致耕地所有权人或使用权人遭受损失（如农作物减产、土地价值下降等），企业可能需要承担民事赔偿责任。
   • 恢复原状：企业有义务将非法占用的耕地恢复至可耕种状态，包括清除地上建筑物、平整土地、恢复土壤肥力等。

4. 其他法律后果：

   • 信用惩戒：企业的非法占用行为可能被纳入信用记录，影响其参与政府采购、招投标等活动。
   • 行政许可限制：在非法占用行为未得到纠正前，企业可能无法获得新的土地使用许可或相关行政审批。

建议：

• 企业应严格遵守土地管理法律法规，避免非法占用耕地。
• 如果已经发生非法占用行为，应尽快与自然资源主管部门沟通，主动退还土地、拆除建筑物、恢复土地原状，并积极缴纳罚款，以减轻法律责任。
• 如果涉及刑事犯罪，应尽快委托专业律师介入，争取从轻或减轻处罚。

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