调查令确实可以调查被告在多个银行的流水，但具体能否实现以及调查的范围和程序，需根据案件具体情况、法院裁定以及相关法律法规来确定。以下从几个关键角度为你详细分析：

1. 调查令的法律基础与效力
   调查令是法院为查明案件事实，授权律师或当事人向第三方（如银行）调取证据的法律文书。根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院有权根据案件需要，要求银行提供被告的账户流水信息。因此，只要调查令由法院依法出具，且内容明确要求调取多个银行的流水，银行通常需配合提供。

2. 调查多个银行流水的可行性

   • 程序要求：申请调查令时，需向法院明确说明调取多个银行流水的必要性（如证明资金流向、隐藏财产等）。法院审查后认为合理的，会出具包含所有目标银行的调查令。
     
   • 实际操作：律师持调查令前往各银行时，需按银行要求填写申请表、提供身份证明及调查令原件。部分银行可能要求法院直接通过司法查询系统调取，此时需法院与银行协调。
     
   • 例外情况：若银行以“涉及客户隐私”“需上级审批”等理由拒绝，律师可要求银行出具书面说明，并及时联系法院协调解决。

3. 需注意的法律风险与限制

   • 隐私保护：银行流水属于个人隐私，法院在出具调查令时会严格审查必要性，避免滥用调查权。若调取范围超出案件需求（如调取与案件无关的账户），可能被银行拒绝或法院撤销调查令。
     
   • 时间限制：银行流水通常保留5年（部分银行可能更长），若需调取更早的记录，需在申请时特别说明，并由法院裁定是否支持。
     
   • 跨地区调查：若被告账户分布在不同地区，律师需分别向当地法院申请调查令，或通过委托调查的方式由当地律师协助完成。

4. 实务建议

   • 提前准备：申请调查令前，尽可能通过其他证据（如转账记录、合同等）锁定目标银行，提高申请成功率。
     
   • 与法院沟通：若案件复杂，可提前与法官沟通调取多个银行流水的必要性，争取法院支持。
     
   • 专业协助：若对流程不熟悉，建议委托律师处理，避免因程序瑕疵导致调查失败。

总结：调查令可以调取被告在多个银行的流水，但需满足“法院依法出具”“调取范围合理”“程序合规”等条件。若你正在处理相关案件，建议结合具体案情，提前规划调查策略，必要时可直接向我咨询细节。