结论：发生事故后，两方修车的总金额超过两千是否会动用商业险，这主要取决于事故责任划分、保险条款以及是否达到商业险的赔付条件，不能一概而论。以下从几个方面进行详细分析：
事故责任划分：
- 如果事故中一方被认定为全责，那么该方的商业险（如车损险、第三者责任险等）可能会被用来赔偿另一方的修车费用以及自己车辆的修车费用（如果购买了车损险）。此时，修车总金额是否超过两千，并不是决定是否动用商业险的唯一因素，而是要看具体损失是否在商业险的赔付范围内。
- 如果事故双方都有责任，那么修车费用可能会按照责任比例由双方的保险公司分别承担。这种情况下，同样需要看具体损失是否在商业险的赔付范围内，而不仅仅是看修车总金额是否超过两千。
保险条款：
- 不同的商业险产品有不同的赔付条款和免赔额。有些保险产品可能设有免赔额，即损失在一定金额以下时，保险公司不予赔付。如果修车总金额虽然超过两千，但未达到保险条款中规定的赔付标准（如免赔额较高），那么可能仍然不会动用商业险。
- 另外，有些保险产品可能对特定类型的损失或特定情况下的损失有赔付限制。因此，在判断是否会动用商业险时，需要仔细阅读保险条款，了解具体的赔付条件和限制。
是否达到商业险的赔付条件：
- 除了事故责任和保险条款外，还需要考虑是否达到了商业险的赔付条件。例如，有些保险产品可能要求被保险人在事故发生后及时报案、提供必要的证明文件等。如果未能满足这些条件，即使修车总金额超过两千，也可能无法获得商业险的赔付。
建议：
- 在发生事故后，应及时报警并联系保险公司，了解具体的报案流程和赔付条件。
- 仔细阅读保险条款，了解自己的保险产品有哪些赔付条件和限制。
- 如果对保险赔付有疑问或争议，可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
举例说明：
假设A车与B车发生事故，A车被认定为全责。A车购买了车损险和第三者责任险，B车只购买了交强险。如果B车的修车费用为1500元，A车的修车费用为1000元，那么由于B车的损失未超过交强险的财产损失赔偿限额（通常为2000元），因此B车的损失可能由A车的交强险进行赔付，而不需要动用A车的商业险。但如果B车的修车费用为2500元，超过了交强险的赔偿限额，那么超出的部分（500元）以及A车自己的修车费用（1000元）可能会由A车的商业险进行赔付（具体还需看A车商业险的条款和免赔额等）。
总之，发生事故后两方修车的总金额超过两千是否会动用商业险，需要根据具体情况进行判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。