结论：农村房屋双方不是同一个村且没有合法婚姻登记的情况下，能否继承过户手续需分情况讨论。一般来说，非同一集体经济组织成员且非合法配偶的继承人，在继承农村房屋时可能面临一定限制，但并非完全不能继承过户，具体需结合房屋性质、当地政策及法律规定综合判断。

分析：

1. 农村房屋继承的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》继承编的相关规定，遗产是公民死亡时遗留的个人合法财产，包括房屋等不动产。因此，农村房屋作为遗产，在符合法律规定的情况下是可以被继承的。
   • 然而，农村房屋的继承并非无条件。由于农村房屋通常与宅基地使用权紧密相连，而宅基地使用权具有身份属性，一般仅限于本集体经济组织成员享有。因此，非同一集体经济组织成员的继承人在继承农村房屋时，可能面临宅基地使用权无法继承的问题。

2. 非同一村且非合法配偶的继承情况：

   • 非同一集体经济组织成员：如果继承人不是被继承人所在村的集体经济组织成员，那么在继承农村房屋时，可能无法同时继承宅基地使用权。这种情况下，继承人可能只能继承房屋本身，而无法获得宅基地的使用权。但具体能否继承过户，还需根据当地政策及房屋管理部门的规定来确定。
   • 非合法配偶：由于双方没有合法婚姻登记，因此不存在夫妻关系。在继承法上，非合法配偶并不属于法定继承人的范围。但是，如果被继承人通过遗嘱等方式指定非合法配偶为继承人，那么非合法配偶在符合其他条件的情况下，是有可能继承农村房屋的。不过，同样可能面临宅基地使用权无法继承的问题。

3. 实际操作中的考虑因素：

   • 房屋性质：如果农村房屋属于被继承人的个人合法财产，且没有涉及宅基地使用权的争议，那么继承人继承过户的可能性相对较大。
   • 当地政策：不同地区对于农村房屋继承的政策可能存在差异。有些地区可能允许非同一集体经济组织成员的继承人继承农村房屋，但需要满足一定条件（如缴纳土地出让金等）；而有些地区则可能严格限制非本集体经济组织成员的继承。
   • 法律规定：除了继承法外，还需要考虑土地管理法、农村土地承包法等相关法律法规的规定。这些法律法规可能对农村房屋的继承过户产生直接影响。

建议：

• 如果您面临此类情况，建议首先咨询当地房屋管理部门或土地管理部门，了解当地对于农村房屋继承的具体政策和规定。
• 同时，也可以考虑咨询专业律师，通过法律途径明确继承权及过户手续的具体流程。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
• 在处理此类问题时，务必保留好相关证据材料（如遗嘱、死亡证明、亲属关系证明等），以便在需要时提供证明。