进口商品在海关因假物流链路问题被查，可能会面临以下法律后果及处理流程：

1. 货物扣留与调查：

   • 海关行动：海关在发现进口商品存在假物流链路问题（如伪造提单、装箱单、发票等运输文件，或实际运输路线与申报不符）时，会依法对货物进行扣留，并启动调查程序。
   • 调查内容：调查将围绕货物的来源、运输过程、申报信息真实性等方面展开，以确定是否存在走私、逃税、侵犯知识产权等违法行为。

2. 行政处罚：

   • 罚款：若调查确认存在违法行为，海关将根据《中华人民共和国海关法》、《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》等相关法律法规，对进口商处以罚款。罚款金额通常根据违法行为的性质、情节及造成的后果严重程度来确定。
   • 没收货物：在严重情况下，海关有权没收违法进口的货物，并可能对进口商进行进一步的处罚，如暂停或撤销其进出口经营权。

3. 刑事责任：

   • 走私罪：如果假物流链路问题涉及走私行为，且走私货物价值较大或情节严重，进口商及相关责任人员可能面临刑事指控，构成走私罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，走私罪可处以有期徒刑、拘役或罚金，甚至没收财产。
   • 其他犯罪：若假物流链路问题还涉及伪造公文、证件、印章等犯罪行为，进口商及相关责任人员也可能面临相应的刑事指控。

4. 信用记录受损：

   • 海关信用管理：海关对进出口企业实行信用管理制度，违法记录将影响企业的信用等级。信用等级降低可能导致企业在海关通关时享受更少的便利措施，甚至面临更严格的监管。
   • 社会信用体系：在更广泛的社会信用体系下，企业的违法记录还可能影响其与其他商业伙伴的合作、融资等经营活动。

5. 后续处理建议：

   • 配合调查：进口商应积极配合海关的调查工作，提供真实、完整的资料和信息，以减轻可能的法律后果。
   • 法律咨询：在面临海关调查或处罚时，进口商应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，制定合适的应对策略。
   • 整改措施：进口商应针对假物流链路问题采取整改措施，加强内部管理，确保未来进口活动的合法性和合规性。

总结与建议：进口商品在海关因假物流链路问题被查，可能面临货物扣留、行政处罚、刑事责任以及信用记录受损等严重后果。因此，进口商应严格遵守相关法律法规，确保进口活动的合法性和合规性。若遇到相关问题，应及时向我咨询，以便获得专业的法律支持和建议。