针对您提出的“运管所处罚的5000元怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，运管所（或交通运输综合行政执法机构）对违法行为进行的罚款处罚，是基于相关法律法规的明确规定。在您提供的参考信息中，我们可以看到，对于擅自改装已取得车辆营运证货运车辆的行为，根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十九条第二款的规定，运管所有权责令改正，并处以5000元以上2万元以下的罚款。
针对您被处罚的5000元，处理步骤如下：
确认处罚决定：
- 请仔细阅读运管所出具的行政处罚决定书，确认罚款金额、违法事实、处罚依据以及缴纳罚款的期限等关键信息。
接受处罚并准备缴纳罚款：
- 如果您对处罚决定无异议，应按照规定的时间和方式缴纳罚款。通常，运管所会在处罚决定书中明确缴纳罚款的银行账户或支付方式。
- 缴纳罚款时，请务必保留好缴费凭证，以备后续查询或核对。
如有异议，申请行政复议或提起行政诉讼：
- 如果您对处罚决定有异议，认为运管所的处罚不当或存在错误，您有权在收到处罚决定书之日起60日内向作出处罚决定的运管所的上一级主管部门申请行政复议，或者在6个月内直接向人民法院提起行政诉讼。
- 在申请行政复议或提起行政诉讼时，请提供充分的证据和理由来支持您的观点。
执行处罚决定：
- 如果您未在规定期限内缴纳罚款，且未申请行政复议或提起行政诉讼，运管所有权依法申请人民法院强制执行。
- 强制执行可能包括查封、扣押、拍卖您的财产等措施，以强制您履行缴纳罚款的义务。
额外建议：
- 了解相关法律法规：为了更好地维护自己的合法权益，建议您了解并熟悉《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，以便在遇到类似问题时能够做出正确的判断和应对。
- 咨询专业律师：如果您对法律程序或处罚决定存在疑问，或者认为自己的权益受到了侵害，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
综上所述，针对运管所处罚的5000元，您应首先确认处罚决定，然后按照规定缴纳罚款或申请行政复议/提起行政诉讼。希望这些解答能够帮助您更好地理解和处理这一问题。