双方协议的赔款是否需要开发票，需分情况讨论：

1. 若赔款属于增值税应税范围
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，若赔款与销售货物、提供劳务等增值税应税行为直接相关（例如因商品质量问题支付的赔偿金），且收款方为增值税纳税人，则需开具发票。

   • 操作建议：赔偿方应要求收款方提供合法有效的增值税发票（如专票或普票），否则可能无法在企业所得税前扣除该笔支出。
     
   • 例外情形：若赔偿属于“价外费用”（如违约金、滞纳金），且与主营业务直接相关，同样需开具发票。

2. 若赔款属于非增值税应税范围
   若赔款与增值税应税行为无关（例如因侵权、违约等支付的纯粹赔偿金），则不属于发票开具范围。

   • 操作建议：双方可签订书面协议明确赔偿性质，并留存付款凭证（如银行转账记录、收据等）作为财务处理依据。
     
   • 税务处理：赔偿方需凭协议、付款凭证等在企业所得税前扣除，无需发票；收款方需按“偶然所得”或“其他所得”缴纳个人所得税（若涉及个人）。

3. 特殊场景：保险赔款
   根据《企业所得税法实施条例》，企业取得保险赔款无需开具发票，可直接凭保险合同、赔款协议等凭证税前扣除。

总结建议：

• 签订协议时明确赔偿性质（是否与应税行为相关）；
  
• 涉及增值税应税范围的赔款，务必要求开具发票；
  
• 保留完整证据链（协议、付款记录、沟通记录等）以备税务稽查。
  

如有具体场景或合同条款需要分析，可进一步向我说明细节。