公司确实可以申请劳动仲裁。当公司与劳动者之间发生劳动争议，且无法通过协商或调解解决时，公司有权依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》向劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁，以维护自身的合法权益。以下从多个角度详细分析：

一、法律依据与权利确认

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，用人单位（包括公司）与劳动者之间因劳动权利和义务产生的争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。这一法律规定明确赋予了公司提起劳动仲裁的权利。

二、适用情形与争议范围

劳动仲裁主要解决用人单位与劳动者之间的劳动争议，具体包括但不限于以下情形：

1. 因确认劳动关系发生的争议：当公司与劳动者对双方是否存在劳动关系有分歧时，公司可申请劳动仲裁以明确关系。
2. 劳动合同争议：涉及劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止过程中产生的任何争议，如劳动者违反服务期约定擅自离职，公司可申请仲裁要求劳动者承担违约责任。
3. 除名、辞退和辞职、离职争议：公司对劳动者作出除名、辞退决定而劳动者不服，或公司认为劳动者擅自离职给公司造成损失，可通过仲裁程序处理。
4. 工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护争议：例如，关于加班时间、培训费用返还等方面的争议，公司均可申请劳动仲裁。
5. 劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金争议：如公司认为支付的工资数额无误但劳动者要求更高报酬，或公司认为不应支付经济补偿、赔偿金而劳动者主张的，公司同样有权申请仲裁。

三、申请条件与准备

公司在提起劳动仲裁前需满足一定条件，包括有明确的被申请人（即劳动者）、具体的仲裁请求（如要求劳动者赔偿损失、继续履行劳动合同等）、详实的事实理由（如劳动者违反公司规章制度、泄露商业秘密等）以及相关的证据材料（如劳动合同、工资单、违规记录等）。同时，公司应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，以确保申请的时效性。

四、申请流程与程序

1. 准备材料：公司需撰写仲裁申请书，并收集相关证据材料以支持其仲裁请求。
2. 提交申请：将仲裁申请书及证据材料提交至有管辖权的劳动争议仲裁委员会。一般来说，劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会均有管辖权。
3. 审查受理：仲裁委员会将对申请进行审查，并在决定受理后组织庭审。在审查过程中，仲裁委员会会核实申请材料的真实性、完整性以及是否符合受理条件。
4. 调解与裁决：在庭审中，仲裁委员会将对公司和劳动者双方的争议进行调解。如调解不成，仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决。裁决结果具有法律效力，双方均应履行。

五、裁决效力与执行

劳动仲裁委员会作出的仲裁裁决具有法律效力。若公司对裁决结果无异议或未在规定时间内向人民法院提起诉讼，则应履行仲裁裁决所确定的义务。如公司拒不履行裁决，劳动者有权向人民法院申请强制执行，以确保裁决的履行。

六、实际案例与启示

以某公司因劳动者违反保密协议提起劳动仲裁为例。该劳动者在离职后泄露了公司的商业秘密，给公司造成了重大经济损失。公司依据保密协议和《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，向劳动争议仲裁委员会提起了劳动仲裁。经过庭审和调解无果后，仲裁委员会作出了裁决，要求劳动者赔偿公司的经济损失。这一案例表明，公司在面对劳动者违反劳动法规或公司规章制度时，可以通过劳动仲裁来维护自身的合法权益。

总结与建议：

公司在与劳动者发生劳动争议时，应首先尝试通过协商或调解解决。如无法达成一致，公司有权依法向劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁。在申请劳动仲裁前，公司应充分准备相关证据材料，并确保申请符合时效性和管辖权等要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。