在处理事实不清、证据不足的行政案件时，我们需要根据案件所处的不同阶段和具体情况，采取不同的处理方式。以下是从多个角度对这一问题的详细解答：
一、行政机关作出行政行为阶段
补充调查取证：
- 行政机关在作出行政决定前，若发现证据不足，有责任进一步调查收集证据，以达到作出行政行为所需要的证明标准。例如，通过询问相关证人、收集书证物证等方式，确保案件事实清楚、证据确凿。
- 法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规均规定了行政机关在作出行政行为前应充分调查取证的责任。
不得作出行政行为：
- 若经过充分调查后，证据仍无法达到证明行政相对人存在违法或应受某种行政处理的事实，行政机关不得作出不利于行政相对人的行政决定。
- 实例说明：如没有足够证据证明当事人存在环保违法行为，环保部门就不能对其作出行政处罚决定，否则将构成违法行政。
二、行政复议阶段
决定撤销或变更：
- 复议机关经审查认为证据不足时，可以决定撤销或变更原行政行为，并责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为。
- 法律依据：《中华人民共和国行政复议法》明确规定了复议机关在证据不足时的处理权限和程序。
- 实例说明：原行政处罚决定所依据的证据不足，复议机关可撤销该处罚决定，并要求行政机关重新调查后依法作出处理。
责令被申请人补充证据：
- 复议机关也可以责令被申请人在一定期限内补充证据。若补充后证据满足要求，复议机关可维持原行政行为；若不满足，则会作出不利于被申请人的复议决定。
三、行政诉讼阶段
判决撤销或者部分撤销：
- 法院在审理过程中，若认为行政行为证据不足，会判决撤销或部分撤销该行政行为，并可以判决被告重新作出行政行为。
- 法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》规定了法院在证据不足时的判决权限和程序。
- 实例说明：在治安管理处罚案件中，若公安机关提供的证据不足以证明当事人实施了相应违法行为，法院会判决撤销该拘留处罚决定。
确认违法：
- 对于不具有可撤销内容或撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的特殊情况，法院会判决确认行政行为违法，并可判决行政机关给予相应赔偿。
- 实例说明：行政机关违法拆除相对人房屋且无法恢复原状时，法院会确认拆除行为违法，并判决行政机关赔偿。
四、特殊情形处理
撤案处理：
- 在行政案件办理过程中，如果发现证据不足且无法证明违法事实的存在或确定违法嫌疑人，公安机关应当依法作出撤案处理。
- 这体现了对案件的审慎态度和对法律程序的尊重，也是保障当事人合法权益的重要措施。
不予行政处罚：
- 行政机关在调查终结后，若违法事实不能成立或证据不足，应当作出不予行政处罚的决定。
- 法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》明确规定了不予行政处罚的情形和程序。
行政赔偿或退还罚款：
- 若行政机关已作出行政处罚决定但事后发现证据不足，应撤销该决定并对受处罚的当事人进行行政赔偿或退还罚款。
- 这旨在维护当事人的合法权益，也是行政机关自我纠错、保障法律正确实施的重要体现。
总结与建议：
在处理事实不清、证据不足的行政案件时，无论是行政机关、复议机关还是法院，都应严格遵循相关法律法规的规定，确保案件的公正、合法和有效处理。对于当事人而言，如果认为行政机关的行政行为证据不足或违法，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。