结论：在双方已达成协议并写了欠款已还清证明的情况下，对方又反对，一般情况下该证明是具有法律效力的，但具体还需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
从证明的法律效力角度
证明的合法性与有效性：
- 如果双方在自愿、平等、公平的基础上签订了欠款已还清证明，且该证明内容真实、合法，不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这份证明是具有法律效力的。它代表了双方对债务关系的一种确认和了结，一旦签订，即对双方产生约束力。
- 例如，如果证明中明确写明了欠款金额、还款时间、还款方式以及双方确认欠款已全部还清等关键信息，并且双方都签字或盖章确认，那么这份证明在法律上就是有效的。
对方反对的理由与证据：
- 如果对方事后反对，需要提出合理的理由和充分的证据来支持其主张。例如，对方可能主张证明是在受到胁迫、欺诈或重大误解的情况下签订的，或者证明中的内容与实际情况不符等。
- 在这种情况下，对方需要承担举证责任，即提供证据证明其主张。如果对方无法提供充分的证据，那么其反对主张可能不会被法院采纳。
从实际操作的可行性角度
证明的实际履行情况：
- 除了证明本身的法律效力外，还需要考虑证明的实际履行情况。如果双方在签订证明后，已经按照证明中的约定履行了各自的义务，例如债务人已经实际偿还了欠款，债权人也确认收到了还款，那么这份证明在实际操作中就是有效的。
- 即使对方事后反对，但如果无法提供证据证明其未收到还款或还款存在瑕疵等，那么其反对主张可能难以得到支持。
可能的法律后果：
- 如果对方反对无效，即证明具有法律效力，那么双方应继续按照证明中的约定履行各自的义务。如果一方违反约定，另一方可以依法追究其法律责任。
- 如果对方反对有效，即证明被撤销或确认无效，那么双方可能需要重新协商债务关系或通过法律途径解决纠纷。这可能会涉及额外的法律费用和时间成本。
建议与措施
保留相关证据：
- 无论证明是否具有法律效力，双方都应保留好与债务关系相关的所有证据，如借款合同、还款记录、转账凭证等。这些证据在后续可能发生的纠纷中可能起到关键作用。
寻求法律帮助：
- 如果对方反对且双方无法协商解决纠纷，建议及时寻求法律帮助。可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和解决方案。
考虑和解或调解：
- 在纠纷发生后，双方也可以考虑通过和解或调解的方式解决纠纷。这可以节省时间和成本，同时也有助于维护双方的关系和声誉。
最后，如果双方在欠款已还清证明上存在争议，且无法自行解决，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。