结论：主动旷工被扣三天工资是否合法，需根据具体情况分析。若公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并遵循法律规定扣除限额，则可能合法；但通常情况下，直接扣三天工资是不合法的。

详细分析：

1. 法律规定角度：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。
   • 旷工作为违反劳动纪律的行为，用人单位有权进行管理和惩戒，但直接扣三天工资往往超出了法律规定的合理扣除范围。例如，如果员工旷工一天，用人单位最多只能不支付这一天的工资，而不能额外扣除两天的工资。

2. 劳动合同与规章制度方面：

   • 用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣三天工资时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。
   • 若规章制度未满足上述条件，或内容本身不合理（如高额克扣），则该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。例如，如果公司规章制度未经员工同意或公示，就直接规定旷工扣三天工资，那么这一规定对员工是不具有法律效力的。

3. 特殊情况处理：

   • 在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。
   • 但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。例如，如果员工旷工导致公司损失了相当于其一天工资三倍的金额，但公司不能直接扣除其三天的工资，而是需要按照法律规定进行合理扣除。

4. 综合判断与建议：

   • 因此，判断主动旷工被扣三天工资是否合法，需综合考虑公司规章制度的合法性、合理性以及具体执行情况。
   • 如果公司规章制度明确、合法且经过了员工的同意或公示，并且在扣除工资时严格遵循了法律规定，那么这种扣除可能是合法的。但这种情况相对较少，因为直接扣三天工资往往超出了法律规定的合理范围。
   • 反之，如果公司没有合法有效的规章制度作为依据，或者扣除方式违反了法律规定，那么直接扣三天工资通常是不合法的。在这种情况下，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

行动建议：

• 如果你遇到了主动旷工被扣三天工资的情况，首先建议查看公司的规章制度和劳动合同中是否有相关规定，并确认这些规定是否合法、合理且经过了你的同意或公示。
• 如果认为公司的扣除方式不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。